メモリを 1GBx2 から 2GBx2 に変更したら memtest86+ のメモリ速度が上がった謎ですが何となく分かりました。
どちらも DDR2-800 のデュアルチャンネルでメモリアクセス等は
  1GBx2 5-5-5-18 2283MB/S
  2GBx2 6-6-6-18 3066MB/S
ちなみに 2GBx2 のシングルチャンネルなら 2726MB/S でした。

確実ではないのですが秘密はバンク数にあると思います。
簡単にいえばメモリチップが片面だけか両面かという事になるのかな?
正確な事がいえないのは 1GBx2 のメモリにはヒートスプレッダが付いてるので片面か両面か分かりません。
とはいえバンク数の制限とかの記事はあるがメモリ速度が上がるというは見つからない。
ソケットが AM2+ なのでその事に関連する可能性もある。
あと違うといえばメモリチップの大きさ。
1GBx2 は 2GBx2 より1年以上後に Atom 230 用に買いました。
その時に新型の小さいメモリチップが載ってたのを購入。
メモリチップが原因とはちょっと考えにくいからやっぱりバンク数かな。