前回の放送で錬金アカデミーの入学を許された宝太郎だが、数多くのケミーと仲良くなりたいと思っている。その時、宝太郎を陰で見ていた謎の男・黒鋼スパナの正体が気になるところだ。
街中で人々の幸せを妬む1人の男がキノコ型の怪人に変化し、ガスを浴びせられた人々は、頭にキノコが生えた上に笑いが止まらなくなってしまう。それを見つめていた冥黒の三姉妹は何を企んでいるのか。
錬金アカデミーの生徒は、りんねの他に銀杏蓮華、鶴原錆丸の2人もそうだ。宝太郎は元気よく自己紹介するが、蓮華は全てのケミーと友達になりたい宝太郎にケミーカードを売ろうとする。でも、宝太郎はケミーは仲間だと思っているので買う事を拒否。因みにこのケミーは錆丸が捕獲したやつだ。
蓮華が改めて宝太郎に自己紹介をするが、頭にたこ焼きの被り物をした上に左手にタコの触手で握手を求める。錆丸は小声である為、AIに頼らないと何も話せない。ミナトが教室に現れ、宝太郎は6枚のケミーカードをゲットした事をアピールする。もっと多くのケミーと友達になりたい宝太郎だが、ミナトは1枚のケミーカードを宝太郎に預ける。
生徒達はそれぞれケミーの回収に向かい、りんねは早速1体のケミーの捕獲に成功する。そこにいかにも怪しい感じの男がりんねを見つめ、サメの怪人に変身してりんねをつけ狙う。宝太郎のクラスメイト・加治木はキノコの怪人を目の当たりにし、それをスマホで撮影する。だが、加治木は怪人の餌食に遭ってしまう。
ミナトから預かったケミーカードはアッパレブシドーで、かなり気難しい性格だという。宝太郎はいろいろ質問するが、何も答えようとはしない。ホッパーが宝太郎を呼び出し、宝ホッパーに連れて来られた宝太郎の前に怪人が立ちはだかる。宝太郎はガッチャードに変身し怪人に応戦するも、毒により絶体絶命に陥る。
宝太郎はミナトによって助け出され、ヴェノムダケから作り出された解毒剤によって九死に一生を得る。また、キノコの怪人はベェノムダケのケミーから生み出されたもので、状況によっては薬にも毒にもなるという。アッパレブシドーと友達になりたいと願う宝太郎は、道場で自分の精神を鍛えようとする。
そこにスパナが現れる。スパナも錬金術師であり、宝太郎にドライバーを渡すように迫る。しかし宝太郎は当然ながら渡すのを拒否。するとスパナは木刀を取り出し、力ずくで奪おうとする。ホッパーがスパナに抗おうとするも返り討ちに遭い、とどめを刺されそうになったところ、宝太郎が身を挺してホッパーを守る。
何度もスパナに攻撃されながらも、宝太郎は頭突きでスパナに体当たり。その時、アッパレブシドーが漸く宝太郎に心を開く。「笑えないジョークだ」とスパナは道場から去る。一方、りんねとミナトはヴェノムダケの怪人と応戦するも、予想以上に手強い。アッパレブシドーと心を交わした宝太郎が現れ、リベンジに挑む。
宝太郎はスケボーズとアッパレブシドーを合わせたフォームで変身し、それまで通用しなかった必殺技も通用した。最後はライダーキックにより怪人を撃破。宝太郎はヴェノムダケのカードを手に入れる。怪人に変身していた男は逃げ出すも、ミナトの錬金術により捕獲される。
これで一件落着かと思いきや、今度はサメの怪人が現れた。りんねをつけ狙っていた怪人だ。ところが宝太郎とミナトは怪人の術中により動けなくなり、りんねも動けなくなってしまう。怪人がりんねを狙うところ、スパナな攻撃を仕掛ける。スパナはケミーを回収する為に派遣された戦士であったのだ。
怪人が「純愛の邪魔をするな！」と言ったところ、スパナは「笑えないジョークだ」と一蹴。スパナはヴァルバラドという戦士に変身し、怪人の攻撃を退ける。ヴァルバラドって、ドライブに登場した魔進チェイサーや、ビルトに登場したナイトローグを思わせる。という事は今度はライダー化する可能性があるのか？