ヤマトコレクト、佐川コレクトをご利用されている通販事業者様で
  入金確認を1件ずつ、明細を見ながら確認されているケースが
  多いようで、入金確認の手間を省きたいというお話があります。
  弊社の場合ですが、ヤマトコレクト、佐川コレクト共にネットから
  CSVデータをダウンロードできますので、通販ソフトでCSVを
  取り込み、入金照合を行っていると回答します。
  照合するキーとなる番号は、問い合わせ番号(伝票番号)ですので、
  ヤマト、佐川の送り状発行ソフトを利用しているケースでは、
  送り状発行後に、通販ソフト側にデータを返す必要があります。