今夜は、刑事ゼロのスペシャル第2弾を観ながら寝ます・・・・。
京都府警の優秀な刑事だった時矢暦彦（沢村一樹さん演）は、犯人を追跡中に高所から落下。刑事として復帰したものの、刑事としての20年間の記憶を全て失くしてしまっていた。
時矢に憧れ、晴れて総務課から刑事課に移った
佐相智佳（瀧本美織さん演）は、時矢の戸惑いと変化に気づき、記憶喪失を見破る。
そして、佐相は「（秘密裏に）時矢の取説兼外付けハードディスクになる！」と宣言し、時矢とパートナーを組んで様々な事件を解決していく・・・・。
ある日、佐相と街を出歩いていた時矢は、学生時代からの憧れの女性、嵯峨思織（高岡早紀さん演）と再会する。彼女は、人気の恋愛小説家として成功していた。
数日後、経済評論家の篠崎が、日本刀のような鋭い刃物で刺され、クレーン車に吊るして晒される猟奇的な殺人事件が発生する。口の中には「1件目の犯人は河上彦斎」と謎めいたメモが。その場所は、幕末の四大人斬り事件で思想家、兵法家の佐久間象山が暗殺された場所だった。しかも、その字に時矢は見覚えが・・・・。
時矢は謎めいた脳内映像に悩まされ、1人フラフラと京都の街をさ迷う。そして、同じく四大人斬り事件で犠牲となった本間精一郎暗殺場所で、IT社長、坂出の惨殺死体を発見した。やはり、「2件目の犯人は岡田以蔵」のメモが・・・・。
そこへ、メモの筆跡が時矢のものだと突き止めた佐相が追いかけてきた・・・・！