一年戦争末期、ジオン軍特務部隊サイクロプス隊の攻撃を受けた地球連邦軍の北極基地は壊滅状態に。サイクロプス隊の攻撃目標は、この地で組み立て中の新型ガンダムNT‐1、通称アレックス。しかし、間一髪で新型ガンダムはシャトルで宇宙空間へ脱出・・・。
そして、中立コロニー・サイド6リボーを攻撃する初陣で乗機のザク改を失い、
サイクロプス隊に編入されることになったジオンの新兵バーニィー。
そしてリボー在住の小学5年生アルと、隣人の連邦軍女性兵士クリス。
新型ガンダムがリボーコロニーに運び込まれたことで、彼らは運命の渦に
巻き込まれていきます。時は宇宙世紀0079年のクリスマス・・・・。