マツブサを追いかけるためにカイナシティまで戻ってきた侑。
そこにいたクスノキ館長がマツブサなどもよく話す例の超古代ポケモンの住処を発見したようだが...
もう既にマツブサは到着しており、潜水艦もGETされてしまったようであった。
どうやら、マツブサは超古代ポケモンであるグラードンのところへ向かい、人類の発展のための最終計画を行なおうとしており、なぜかマツブサは侑にマグマ団アジトに向かう選択肢を与えたのだった。
そして、マツブサたちはしたっぱを使って侑を足止めし、その間にマツブサたちは潜水艦に乗ってマグマ団アジトに向かっちゃった。
侑はしたっぱを相手することになるが、
倒しました☆
その後、残ったしたっぱから話を聞き、マグマ団のとんでもない目的を悟ったのだった。
マグマ団は改造した潜水艦を使って海底洞窟に向かい、グラードンを復活させることにより、世界がとんでもないことになってしまうのであるッ!
このままでは侑はお台場を含めた世界がとんでもないことになってしまうかもしれない。
そう考えた侑はクスノキ館長からお願いされたこともあり、とんでもない世界を作ろうとするマグマ団を止めるため、マツブサが向かったマグマ団アジトに向かったのであった。