労働協約で就業規則の不利益変更された場合、反対の組合員にもその効力は及ぶのか？

及びます。

就業規則の不利益変更の合理性の判断基準は？

１、労働者の受ける不利益の程度

２、労働条件の変更の必要性

３、変更後の就業規則の内容の相当性

４、労働組合等との交渉の状況

５、その他就業規則の変更に係る事情

就業規則を労働者に不利益に変更できる場合とは？

変更後の就業規則を労働者に周知させ、かつ、変更に合理性があれば、労働者との合意がなくても変更できます。

就業規則を労働者の不利益に変更できるか？

使用者が労働者と合意すれば、不利益に変更することができます。（原則）

ただし、例外があります。

内規も就業規則として労働基準監督署に届出なければならないか？

一口に内規といっても各社様々ですが、その内容が単なる就業規則の解釈、取扱い、運用を定めたものなら労働基準法上の就業規則に該当しませんので、届出は不要です。