「退職は3ヶ月前に言うこと」の就業規則は有効か？

労働者には退職の自由があるので、これを極度に制限する特約は民法第90条（公序良俗）に反し無効とされる可能性が強いです。労働基準法第20条1項に、解雇する場合は少なくとも30日前に予告しなさいという規定があるので、それとのバランスを考えると退職の意思表示を求めるならば1カ月前程度が無難でしょう。