まず、1日について考えます。労使協定により8時間を超える時間を定めた日はその時間を超えた時間が残業（時間外労働）です。それ以外の日は8時間を超えた時間です。
次に1週間で考えます。労使協定により40時間を超える時間を定めた週はその時間を超えた時間が残業（時間外労働）です。それ以外の週は40時間を超えた時間です。この場合、1日単位の時間外労働の対象となった時間は除きます。
そして、変形期間の全期間については、変形期間における法定労働時間の総枠を超えた時間です。この場合、1日単位や1週単位の時間外労働の対象になった時間は除きます。