陰陽の統合が一つのテーマかなと思います。
「悪意」が一つのキーワードとして出てきて、誰しも心の中に悪意＝陰＝闇を持っていて、それを認めて受け入れて昇華（統合）させることで、みなが豊かで幸せに生きることができるようになっていく、というのがメッセージの一つだと感じました。
大叔父は、「愚かな鳥よ」というセリフに象徴されるように、そのような相手を蔑む意識そのものが、自分の内に潜む悪意だということを自覚できていないため、自身の悪意＝闇を昇華（統合）できていない。
一方、眞人は「この傷は自分の悪意の印です。」と自分の悪意を認め受け入れることができた。
という対比も描かれていたように思います。
悪意＝エゴ＝利己主義＝負の感情と言い換えてもいいかもしれないです。
自身の悪意、エゴ、負の感情から目を背けたり、「そんなものは、自分にはない」と否定するのではなく、自分の内面と向き合い、それがあることを認め受け入れることが大事なのかな…と感じました。