女性に特有の病気の問題とはいえ、健康な女性に通常生ずる生理的な問題ではないのですから、そのことを理由にして配属に差異が生じても仕方がないと思います。そもそも職種や職位は、各人の能力や適性に従って決められるのが公平です。

要するに、性に対する不当な差別かどうかは差異を設けた基準に客観的かつ合理的な根拠があるかどうかに依存しています。ですから、男女を性別のみに基づいて差別することは不合理であり違法ですが(憲法第14条)、性別を越えて性別に起因する病気や能力に起因して処遇に合理的な差異が生じるとしても違法ではありません。

本件女性を本人の健康状態や能力から判断して不適材・不適所な部署に配属して失敗させれば、本人にとってはトラウマですし、会社にも多大の損害を与えることになります。このような状態が長期間継続すれば、会社の同僚からは蔑視され、本人は精神的なストレスが蓄積して精神病にもなりかねません。それが最善の道であれば、管理職として異動を決断するすることが賢明です。