神隠しと呼ばれる謎の出来事が続いていたある村。その村に住む人々は、古くから神隠しの存在を恐れ、家の周囲には鎮守の神を祭る祠を建て、厄除けのお守りを身に付けていた。
ある晩、村の若い女性・美佳が家に戻る途中で突然姿を消してしまった。その後、村の人々は美佳を探し回ったが、どこにも見つからないまま、美佳は村の人々の記憶からも薄れていった。
美佳の友人である恵美は、神隠しについて調査を始めることにした。恵美は、神隠しに遭った人々の記憶を頼りにして、美佳が姿を消した場所にたどり着いた。そこには、古びた祠があり、その近くには何か集まっているような気配が漂っていた。
恵美は祠の中をのぞくと、そこには美佳がいた。しかし、美佳の目は空っぽで、口からは不気味な笑い声が漏れていた。美佳は恵美に近づき、異様な声で囁いた。「ここが、私たちの新しい世界だ。神隠しは、私たちを新しい世界へと導く力なのだ。」
恵美は恐怖に震えながらも、美佳を引きずり出そうとしたが、美佳は恵美を振り払い、祠の中へと戻ろうとした。そこには、祠の中で蠢く影が次第に姿を現していた。それは、かつて神隠しに遭った人々の魂が集まり、恵美たちを取り囲んでいたのだ。
恵美は必死で逃げようとするが、祠の扉は閉ざされ、逃げることができない状況に追い込まれた。美佳は恵美に微笑みかけ、「もう遅いわ。あなたもここに留まり、新しい世界への旅を楽しむがいい。」と言い残し、魂たちが恵美を包み込んでいった。
神隠しの村では、恵美もまた行方不明となり、祠の周囲には新たな厄除けのお守りが並べられるようになった。しかし、その祠の中では、次の神隠しの犠牲者が現れるのを待ち構えていたのだった。