| 期 日 | 形式 | 列車名等 | 運転区間 | 備 考 |
| 平成３１年 ３月１６日 | キハ４０形 | 香椎線 | 蓄電池電車BEC819系「DENCHA」に全列車置き換え | |
| １８９系 | おはようライナー | 塩尻→長野 | 乗車整理券不要の２１１系に置き換え | |
| １１５系 | 岡山－琴平 | |||
| 置き換え中（2014.12～) | １１５系 | 新潟地区 | 順次、新型車両（Ｅ１２９系）に切り替え。越後線が中心となり、かなり運用が減っています。 | |
| 置き換え中 | １１５系 | 広島地区 | 順次、新型車両（２２７系）に置き換え。 | |
| 平成３２年 ５月７日 | 札沼線 | 北海道医療大学－新十津川間 | 廃止 | |
| 平成２９年度以降 | キハ４０形 | JR北海道 | 平成２９年度に試作車、平成３１年度以降量産、随時更新。 | |
| 平成２９～３１年度 | キハ４０形 | 新潟地区 | 電気式気動車(ＧＶ－Ｅ400 系)量産型を2019年度までに投入予定とプレスリリース | |
| 平成３２年度～ | １１５系 | しなの鉄道 | 新型車両導入予定。営業運転開始予定は、2020年7月ごろ。初年度はライナー用車両3編成を導入し、その後2026年度にかけて26編成を導入する。 | |
| 平成３２年度 | キハ４０形 | 秋田地区 | 電気式気動車(ＧＶ－Ｅ400 系)量産型を2020年度に投入予定とプレスリリース |