いやー、大変でした。（汗、汗！）
きょう、マジで「Windows XP SP1」のCD-ROMからインストールしようかな？ と
思いました。
稼働していたときの、ＭＢＲ（63セクタ分）および、先頭パーティションの
ＰＢＲ（63セクタ分）をコピーすれば動くだろうと思っていましたが、
そうではありませんでした。幸い、それらの過去のBACKUPをとっていたので、
内容をバイナリで比較したり、強制的にディスク上にそれらを書き込んで
テストすることが出来ました。
※もちろん、パーティションTBLや、ＮＴシグニチャや、パーティションの
サイズなどの項目を修正したうえで！
その結果、原因は別の所にあると判明しました。
原因は、Windowsでした。
HDDの接続形態や、それぞれのHDDでのMBR上のパーティションTBLの内容（整合性を含む）およびboot.ini で指定される起動パーティションだけでユニークに「Windowsが認識するドライブの割り当てが決まる」と思っていましたが、そうでは無かったのです！
「ＮＴシグニチャをクリアしたら、コピーした２番目以降のパーティションからも起動できるよ」
というような情報がネット上にありましたが、たぶんこれは違うと思います。
ディスク１で（但し、BIOSはディスク０を認識状態！）試してみましたが、ダメでした。
しかし、この時に勉強しておいたＮＴシグニチャが役に立ちました。
そう、WindowsはHDD毎に通称”ＮＴシグニチャ”と呼ばれるHDD識別コード（４バイト）を付与し、それをHDDのMBRに書き込んでいるのですが、
そのＮＴシグニチャ＋該当パーティションの開始アドレス という形で、
DISK0,PARTITION-1> \Dos\Devices\C:\ 44F444F4 00 7E000000
DISK1,削除済PART-> \Dos\Devices\E:\ DE15DF15 00 F436CB09
DISK1PARTITION-1> \Dos\Devices\G:\ DE15DF15 00 7E000000
DISK1,PARTITION-3> \Dos\Devices\H:\ DE15DF15 00 8C8ACB1D
レジストリ上に持っているのです。
上記は、DISK0： Ｃ：パーティション１ （ページファイル）
DISK1： Ｇ：パーティション１ （システム）
でDISK1のWindows が立ち上がった時の状態。
まだ２台のDISKを表示させないとWindows を起動できない状態でのデータ。
［参考：設定＆立ち上げ方によっては、DISK0 のPARTITION-1 が（ブート）になる］
※こういう変な立ち上がり方をすると、これまで持っていたアドミニストレータ
権限がなぜか失われるなど、システムが妙な動きをすることに注意。
分かりやすい例では、デスクトップに出るアイコンはすべてCドライブからの
もので、それで実行されるPGMも当然Cドライブ上のものなのだ！
そして、これを知らなかったのだが、Windows が起動された時には、
ドライブの割り当ては最初にここを見て、既に該当するエントリがあれば
そのドライブ名を使う、無ければここのエントリに載っていないドライブ名を使う
ようなのです！
・直近の状態で上書きするが、その起動で使ってなかったエントリはそのままみたい
ドライブ名をつけていく順番のルールはあるけれども、
前回の起動で使っていたドライブ名があれば、それをそのまま使うようなのです。
そのため、
（１）DISK0 を非表示にすると、Cドライブのディスクがないので、そもそも立ち上げ出来ない
（＝途中で止まる）
（２）disk0 を表示にすると、DISK1 の先頭パーティションから起動できるが、
CドライブはDISK0 の先頭パーティションになり、ページファイルがここに
とられる。なお、起動されるシステムがあるボリュームは、エントリにある
Gドライブが使われる。Eドライブが空いているように思われるが、
過去に存在したが今は存在しないパーティション用に確保されているので、
使われない！
これが、DISK0、DISK1 と２台を表示させないとWindows が立ち上がらなかった主原因であり、DISK0 単独で起動できなかったのもCドライブのアサインがDISK1 の先頭パーティションになっていたからです。
・レジストリといえども、最終的にはファイルです。起動されたら、メモリ上に
ロードされてそれを元に動いていますが。
・DISK1 から立ち上げて、立ち上げていないDISK0 のシステムのレジストリも
修正出来ます！ （が、作業はメモを取りながら慎重に！）
・パーティション管理ソフトで、起動に使わなかった方のDISK のドライブ名を
無理矢理C ドライブに変更することはできますが、（＝再起動を要求してくる！）
たぶん私のようなトラブル状況になると思われます！
自分のC ドライブのアサインはさわらずに、単に「非表示」に変更で
処理しましょう。
ＯＳのインストールは、対象のDISK １個のみをつなげてやるもののようです。
MBRの変更や、レジストリの変更は、ＯＳが立ち上がらなくなる可能性があるので、
くれぐれも細心の注意を払って行ってください。
なお、ここの情報はWindows XP に対しては有効と思われますが、それ以降では不明です。
具体的なアドレスやファイル名、項目名、参考資料となる解説サイトの情報は
書きませんでしたが、この近くまで来ている人であれば、方向が決まって
進んでいけるはずです。ゆえに、不要なトラブルを避けるために書きませんでした。
（ひとりごと） 「これで商売ができるかも？」 （笑）
では、成功を祈る！！