エクセルの仕様で、CSVまたはTSVを保存すると、
17行目以降の空カラムが削除されてしまうという現象が発生します。

例えば。。。。

1,11,111,1111
2,22,222,2222
・・・(以降16行目まで)
16,16,166,1666
17,17,,
18,18,,

こんな感じで保存した(つもり)とします。

保存した結果を見ると、

1,11,111,1111
2,22,222,2222
・・・(以降16行目まで)
16,16,166,1666
17,17
18,18

このように17行目以降の空データ列のカンマが削除されてしまうのです。
ちなみにこの現象はTSVにしても一緒です。

マイクロソフトの見解↓
http://support.microsoft.com/kb/400253/ja

16行ずつ扱うため、このような動きになる「仕様」とのこと。
Excel2003でも同様の動きとのことで、まったくバグとして扱う気はない模様。

しかたがないので、対策としては、
保存するときは最終列に最後だよという印をいれてもらうという対応をとることにしました。
17,17,,#←こんなかんじ。

SEはエクセルでCSVやTSVを扱うのは何かしら不具合がある(0を数値とみなして勝手に削除
してくれたり。。。)ため、あまりやらないのですが、
普通の人は結構やることなんですね。。。

というか、そんなに使用されているのなら、マイクロソフトが対応するべきだと思うのですが。