特許法の保護対象は発明であり、遺伝子組み換えをした植物は、特許法の保護対象となる。
一方、種苗法の保護対象は植物の品種である。遺伝子組み換えをして新規な品種を創作したときには、種苗法の保護対象として、品種登録が容認される。
このような場合、特許法にも種苗法にも調整規定が設けられておらず、条文の規定上は、同一の創作について、特許法で特許を取得し、種苗法で品種登録をすることが可能である。
ただし、育成者権の効力は、特許権との関係で制限されている。
種苗法21条は、育成者権の効力の制限について規定するが、同条２号、３号は下記の通りである。
二 登録品種（登録品種と特性により明確に区別されない品種を含む。以下この項において同じ。）の育成をする方法についての特許権を有する者又はその特許につき専用実施権若しくは通常実施権を有する者が当該特許に係る方法により登録品種の種苗を生産し、又は当該種苗を調整し、譲渡の申出をし、譲渡し、輸出し、輸入し、若しくはこれらの行為をする目的をもって保管する行為
世界各国で法律は異なるのだが、ヨーロッパ特許法では、特許法と種苗法を調整する規定が設けられており、原則として、植物の新品種は特許を受けることができない(５３条（ｂ）)。ただし、遺伝子組み換えについては例外がある。
ところで、ヨーロッパ法から日本法に戻るが、遺伝子組み換えがされた新品種について、種苗法の品種登録と特許法の特許の双方がされた実例はあるのだろうか。
サントリーグループは、白いカーネーションに、ペチュニアから抽出した青色遺伝子を導入して、青いカーネーションという新たな品種を創作した。この品種については、「ヴィオII」という名称で登録番号８１８４として２０００年６月２７日に登録されている。
サントリーグループは青いカーネーションについて別途、特許も取得している。
ちなみに、現在の種苗法では、存続期間は品種登録日から２５年または３０年であるが（１９条２項）、当時の種苗法では、存続期間は品種登録日から２０年であるので、２０２０年６月２７日に存続期間が満了し、育成者権は消滅した。すなわち、２０２０年６月２８日から「ヴィオII」という品種のカーネーション、青いカーネーションは誰でも自由に育成することができる。
ところで、小職は種苗法、育成者権などの知的財産は専門である。
しかし、青いカーネーションを見て、「ヴィオII」か否かという質問がされたときには、良くわからないという回答になりそうである。そもそも、カーネーションが目の前にあるとき、綺麗な花ということはわかっても、カーネーションか否かは良くわからない。花屋さんの店頭には、カーネーションという文字が書いてあるので、カーネーションというのが分かる。