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トワイライトエクスプレスは大阪～札幌を東海道線・湖西線・北陸線・信越線・羽越線・奥羽線・津軽線・海峡線・江差線・函館線・室蘭線・千歳線の12路線を経由して約２２時間で結ぶ。
毎日運転されていないため上野～札幌を結ぶ寝台特急「カシオペア」同様臨時列車扱となっている。
ただし１編成しかないカシオペアに対して、３編成が在籍しているので繁忙期は毎日運転される。
客車のリニューアルは行われているが「トワイライトエクスプレス」登場からまもなく２５年となり車齢は４０年以上の車両もあるため今後の動向が注目される。
京都駅には大阪行き「トワイライトエクスプレス」が12：15到着、12：18発車
その後札幌行き「トワイライトエクスプレス」が12：24到着、12：25発車
京都駅は東海道線にあり山科駅方向は上りだが、湖西線の列車は下りとなる
この２本の「トワイライトエクスプレス」同士のすれ違いは京都駅～桂川駅間で見られる。また運転停車する奥羽本線大久保駅（秋田県）でも深夜０時過ぎに見られる。