現在ケンタッキー州となっている地域では、水路に沿った土地や野生生物を狩猟できる領域で、遅くとも紀元前1000年から紀元後1650年頃まで、様々なインディアンによる文化が移り変わってきた。18世紀半ばに植民地人の探検家や開拓者が大勢で入ってきたときまでに、インディアンによる大きな定住地は無くなっていた。
ケンタッキー州にいる南部チェロキー族は部族だが、連邦政府が認定したチェロキー族の3部族は、州政府の認めた部族が「チェロキー族」だと主張することの信憑性を声高に難じている。報告書に拠れば、アメリカ独立戦争の終戦後、ケンタッキー州でインディアンの襲撃により、開拓者が殺されたとされていた。
バージニア州の中で向こう側に郡部は、ケンタッキー郡と呼ばれるようになった。
ケンタッキー郡の住人はバージニア州からの分離を請願した。ケンタッキーの代議員団がバージニア州の分離条件を受入れ、最終会議で州憲法案が起草された。ケンタッキーが合衆国15番目の州に昇格した。ケンタッキー州はアメリカ合衆国から脱退しなかったと言われることも多いが、幾つかの郡代表がラッセルビルに集まり、それをケンタッキー州人民の会議に脱退条例を可決した。彼等はアメリカ連合国ケンタッキー州政府を樹立し、ボーリンググリーンを州都にした。
アメリカ連合国戦闘旗で、ケンタッキー州は星で表されているが、ラッセルビル会議は州民の多数派を代表してかった。
州民の多くが同調者だったので、ケンタッキー州は戦争を通じて「中立」に留まった。戦中に南軍を支持した量を超えることになった「失われた大義」の復活では、人々の中にアメリカ連合国大統領ジェファーソン・デイヴィスの誕生日を南軍記念日として再現に参加する者が20世紀初期に、自警団の動きからブラックパッチ・タバコ戦争が起こった。
自警団組織である「ナイト・ライダーズ」が、タバコ会社の言いなりになって低価格でタバコ葉を販売した農夫を襲った。州知事ウィリアム・ゴーベルは、ボディガードに州会議事堂に歩いて暗殺者に撃たれて致命傷を負った。
J・C・W・ベッカムとテイラーが、数か月の間、誰が合法の知事であるかについて争い、5月に出たアメリカ合衆国最高裁判所判決では、ベッカムが勝訴した。在任中に暗殺されたアメリカ合衆国唯一の州知事となっている