2019年12月12日、武漢（中国）で2019-nCovと呼ばれる新しいコロナウイルスによる肺炎患者が発生しました。その完全なゲノム（5人の患者から抽出された）は、その配列がSARSr-CoVウイルスと79.5％、コウモリのコロナウイルスのコンセンサスゲノムと96％を共有していた。
コロナウイルスとは？
コロナウイルス特徴
電子顕微鏡で観察されるコロナウイルスは、直径約100nmの球形で、表面には突起が見られる。形態が王冠“crown”に似ていることからギリシャ語で王冠を意味する“corona”という名前が付けられた。ウイルス学的には、ニドウイルス目・コロナウイルス亜科・コロナウイルス科に分類される。脂質二重膜のエンベロープの中にNucleocapsid（N）蛋白に巻きついたプラス鎖の一本鎖RNAのゲノムがあり、エンベロープ表面にはSpike（S）蛋白、Envelope（E）蛋白、Membrane（M）蛋白が配置されている（図１）。ウイルスゲノムの大きさはRNAウイルスの中では最大サイズの30kbである。遺伝学的特徴からα、β、γ、δのグループに分類される。HCoV-229EとHCoV-NL63はαコロナウイルスに、MERS-CoV、SARS-CoV、HCoV-OC43、HCoV-HKU1はβコロナウイルスに分類されている。（国立感染症研究所）
コロナウイルス2019-nCoVとは何かを説明する優れたビデオ
What you need to know about the Wuhan coronavirus
COVID-19アニメーション：コロナウイルスに感染したらどうなりますか？4/23追加
スパイクタンパク質の構造
膜融合タンパク質の最初のタイプに属するスパイクタンパク質には、S1とS2の2つのサブユニットが含まれています。その中で、S1には主に受容体結合ドメイン（RBD）が含まれており、これが細胞の受容体を識別する役割を果たします。S2には、膜融合プロセスに必要な基本要素が含まれています。
2019-nCoVのスパイクタンパク質は、受容体ヒトACE2と相互作用して、ヒト呼吸上皮細胞に感染します。
受容体ACE2 を調べていたら、腸内環境を整へ腸炎を抑えるとのこと、私の場合腸炎で高熱を発するのでACE2が少ないのか？それで罹りにくい？ 色々病態形成に影響している様です。1/30記
2019-nCoVのコロナウイルスのRNAは、コウモリRhinolophus sinicusに見られるSARS関連のコロナウイルスに非常に近く、bat-SL-CoVZC45ウイルスのヌクレオチドの89％と同一です。
ウイルスのサブユニット1は、SARSコロナウイルスとヌクレオチド配列が68％同一です。
尚SARSもMARSも、コウモリコロナウイルス間でも遺伝子組み換えによって誕生したと疑われている。（ウイルス侵入を担うSタンパク質におけるアミノ酸同相性は64~67％）
▼2019-ｎCoVプロテアーモデルがXu etlによって公開されたので追加（2/1）
2つ目の事前公開された研究（Zeng-Li Shi 2020）は、2019-nCoV（感染した7人の患者からサンプリングされたウイルス）のゲノムがBatCoV RaTG13コウモリコロナウイルスのゲノムと96.2％類似していることを確認しています。
▼Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
コロナウイルスのRNAの特徴
RNAはDNAと同じ核酸で、ヌクレオチドと呼ばれるリン酸・塩基・糖から成る基本構造を持ち、ヌクレオチドが連なった構造（ポリヌクレオチド）をとります。RNAは、転写により一部のDNA配列を鋳型として合成されます。DNAとRNAの違いは３つあります。まず、一本鎖のポリヌクレオチドであることです。二番目は、糖の種類です。RNAの糖（リボース）は、酸素分子がDNAの糖（デオキシリボース）より一つ多いことです。三番目は塩基の種類です。DNAの塩基はA、T、G、Cですが、RNAはTのかわりにUになります。
※リボース(Ribose)糖の一種で、 核酸塩基と結合してヌクレオシドを形作る。
新しいコロナウイルスによる41人の中国人患者の分析結果
中国の研究者（Huang 2020）は2019-nCovの41人の中国人患者を分析しました。これらの患者の年齢の中央値は49歳（25〜64歳）で男性30人女性11人でした。そして66％の人が武漢市場を訪れた。(子供は罹ってないようですね？ 37歳の人がお亡くなりになっていましたが何か病気を持っていたのでしょか？)
症状は、発熱（98％）、咳（76％）、疲労（44％）、咳嗽（11％）、頭痛（8％）および下痢（3％）でしたが、SARSおよびMERSウイルスでは、患者の20〜25％が病気にかかっていました。
新しいコロナウイルスの患者は、IL-1β、IFN-γ、IP-10、およびMCP-1（TH1リンパ球の活性化に関連）の高レベルの炎症誘発性サイトカイン（細胞から分泌されるタンパク質）を有していました。特定のサイトカインは、IP-10、MCP-1、MIP-1α、TNF-αなどの症状の重症度と関連している可能性があります。(サイトカインは、インフルエンザに罹ったときの関節痛などの痛みの原因物質群)
最初の症状と呼吸困難（呼吸困難）の間の期間の中央値は8日（5〜13日）です。入院は、最初の症状の7日後の中央値でした。集中治療室での滞在は呼吸困難に関連していた。
集中治療室にいる患者の38％が死亡したのに対し、通常の患者は4％でした。
集中治療を受けている患者は、頻繁に人工呼吸器を使用しています。
(肺がやられると呼吸困難も有りますが、内蔵の全てが弱ってしまい多臓器不全でお亡くなりに成ります。喉の炎症を気管に進めないのが肝心です、咳の初めに良く効くトローチを舐めないで口の奥に置いておく。最近は “大鵬薬品工業 ピタスのどトローチ” 貼り付ける薬が販売されている。)
2019-nCov感染力
香港大学（Shi Zhao 2020）の研究者は、このR0は3.30から5.47であると推定しています。つまり、患者は3〜5人に感染する可能性があります。英国のチーム（Jonathan Read 2020）は、疫学シミュレーションで、R03.6〜4を予測しています。
（とうとう日本は、観光バスの運転者が二次感染してしまいました。潜伏期間が長いので、この運転手のバスに乗った人が幾人いるのか？野放しの観光客が何人いるのか？まだ日本政府は、中国からの観光客を受け入れていますので、今後爆発的に増えるのではないかと思われます。 潜伏期間を考えて2週間後には結果が解るでしょう？さてどうなるか。）
SARS-CoVは、S 蛋白の解裂誘導能のあるプロテアーゼ（トリプシン等）が侵入経路の決定に大きく働いている。そして，細胞表面からの感染の方が endosome 経路での感染より効率が極めて高く迅速に増殖するので、肺炎など重症化の原因であると考えられている。
2019-ｎCov（武漢ウイルス）もS1蛋白の配列が似ているため細胞表面からの侵入（感染力が強い？）が考えられる。（2/1追記）
尚、親父はインフルエンザには全く罹らない人でした。蚊にも刺されなかったので特異体質か？私の場合、インフルエンザでは、関節が痛くなるので掛かっていると思いますが熱が出ないので学校も休んだことが有りません。社会人に成って37度位には成ったような・・？ 医者に行ってないので解らず。高熱が出る時は、大概腸熱です。（私は蚊に刺されます。）
帰国者で、症状のない人が罹っていましたが、然もあらんと思いました。潜伏期間かもしれませんがね。(1/30侵入・ゲノムに関する図と記事追加)
2/2追記
武漢コロナウイルスは、中国での感染率と海外の感染率は違うよう気がします。
そもそも、中国には三つの階級あります。都市住民⇒農民工⇒農民です。
この内、医者に掛かれるのは都市住民です。（何しろ医療費が高い）
ですから医者に掛かれない人たちは統計に入っていません。
それで、中国は都市を閉鎖したのです。多分。
今回の武漢コロナウイルスは、アルコールに弱いタイプと聞きます。
アルコール消毒をしていれば問題ないように思います。
この時期は、色々な所でアルコール（病院や公共施設）が常備されていると思います。
必ず手を消毒しましょう。特に病院は病室の前に必ずあるので消毒しましょう。
ちなみに、病院で一番汚いのは恐らくエレベータのスイッチです？ 誰でも押すので・・・？
武漢当局が発表を遅らしたのは、何かの会合を開催していたからと言われていますが、本当の目的は農民工を春節で追い出したかったのではないでしょうか？
そして閉鎖を発表してから8時間も猶予を与えたのは、情報強者を逃がすためでは？
曇った見方かな？
2/3追記
インドより“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag”の論文で2019-nCoVのスパイク蛋白質にエイズウイルス４つの蛋白質が不自然に挿入されているとのことです。
インドの早とちりだったようなので削除します。（2/4）
興味のある方は上の英語の表題をクリックしてください。
画像は復活しましたがそのつもりで見てください。（2/4,15：40）
タイで感染者に、インフルエンザとエイズウイルス（HIV）の抗ウイルス剤を混合投与で劇的な改善をしたとか。
当初は隠蔽してたが、解ってからの中国の対応が異常（都市の閉鎖＆渡航禁止＆病院建設と人民解放軍医の派遣など）なのは、やはりそこまでしなくてはならない原因があるから・・か？
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以上です。
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