（「くろしお」クロ381-106・道成寺～和佐・2009年5月7日）
「くろしお」編成は1996年以降にリニューアルされ、シートピッチを1,000mmに拡大するなど内装をリニューアルしたほか、カラーリングも一新。アコモ編成と呼ばれています。
同編成は2012年3月17日ダイヤ改正から287系による置き換えが始まりました。
「スーパーくろしお」編成もアコモ編成と同じカラーリングになりましたが、パノラマグリーン車を連結して差別化が図られています。
（「スーパーくろしお」クロ380-1・朝来～白浜・2009年5月7日）
「スーパーくろしお」編成は、白浜で付属編成の分割併合を短時間で行なうために、クハ381形に電気連結器を装備して500番代としました。
（「スーパーくろしお」クハ381-505・美章園・2011年2月25日）
クハ381形500番代と連結するモハ380形にも電気連結器を装備し、貫通路を塞いで500番代としています。
なお2012年3月17日ダイヤ改正で「スーパーくろしお」と283系の「オーシャンアロー」の列車名を「くろしお」に統一しました。
日根野電車区の381系は「スーパーくろしお」「くろしお」編成の他に通勤ライナー運用に充当される編成がありました。
（「はんわライナー」クハ381-131・美章園・2011年2月25日）
阪和線系統は「はんわライナー」そして関西本線系統は「やまとじライナー」として運転されていました。
（「やまとじライナー」クハ381-135・天王寺・2011年2月25日）
ライナー運用にはC601～604編成が充当されていましたが、この編成が「やくも」の増結に貸し出されていました。
また奈良遷都1300年事業に関連した臨時特急「まほろば」号にも381系が使用されました。
（「まほろば」クハ381-133・河内堅上～三郷・2010年4月3日）
しかしC編成のライナー運用は2011年3月12日のダイヤ改正で終了。C601編成は廃車となり、C602～604編成は福知山電車区に貸し出されて、「北近畿」を改称した「こうのとり」に6月まで使用されました。
（「こうのとり」クハ381-127・塚本・2011年3月13日）
これは287系落成までの暫定運用。
（「こうのとり」クハ381-131・塚本・2011年3月13日）
6月になると381系は運用を離脱して廃車となり、一旦は国鉄色381系は姿を消しています。
2012年6月、日根野電車区の検修部門は吹田総合車両所日根野支所に改められ、日根野電車区は消滅。
吹田総合車両所の本体は吹田工場なのですが、ここは年に一度一般公開されています。2012年10月27日の公開では、クロ380-2の運転台公開も実施されていました。
（クロ380-2・吹田総合車両所・2012年10月27日）
工場の片隅にはモハ380-51が1両だけ留置されていました。
（モハ380-51・吹田総合車両所・2012年10月27日）
ユニットは切り離され、ユニット間のケーブルも切断されているため、多分解体されたのではないかと思われます。
そんな吹田総合車両所に国鉄色の381系がいました。
（クロ381-114・吹田総合車両所・2012年10月27日）
クロ381。つまり381系アコモ編成ですが、2012年6月から福知山の183系を淘汰するために転属を始めています。
2013年3月16日ダイヤ改正までには6両編成6本と4両編成1本の40両が出揃う予定。同区間では振り子は使用できませんが、それでも活躍する姿を見ることができそうです。