失われた原因という意味ではありません。以下に例文を紹介します。

 

A: Did you hear that they broke up soon afterwards?

B: I knew. It was a lost cause from the beginning.

 

A: 彼らがその後すぐに別れたって聞いた?

B: 知ってたよ。最初から見込みがなかったんだ。

 

という訳で、lost cause には「〔成功の〕見込みがない運動[試み・努力]」という意味があります。lostは「失われた、負けた」という意味で、causeには「原因」のほかに「主義、主張、~運動」という意味があるようですので、この意味が組み合わさったものと思われます。cause=原因だけではないんですね。