1191年(建久2年)3月4日、小町大路で火事が発生。
強風にあおられた火は、北条義時、大内惟義、比企朝宗、佐々木盛綱、一品房昌寛、仁田忠常、工藤行光、佐貫広綱など御家人10人の屋敷を焼き、鶴岡八幡宮の五重塔に燃え移ります。
この火事により鶴岡八幡宮は悉く灰燼に帰してしまいました。
3月6日、焼失した鶴岡八幡宮を見た頼朝は涙を流したといいますが、8日には再建工事に着手します。
そして、若宮再建とともに上宮(本宮)を創建し、11月21日に遷宮が行われました(改めて石清水八幡宮の祭神を勧請しています。)。
上宮の建設は、火事による被害を防ぐためだったと考えられています。
毎年12月16日に行われている「御鎮座記念祭」(御神楽)は、遷宮の際に行われた儀式を再現したものです。
鶴岡八幡宮は、源頼義が1063年(康平6年)に京都の石清水八幡宮を勧請したことに始まります。
石清水八幡宮は、京都の裏鬼門を守護する神社として朝廷・公家・武家の尊崇を集め、とくに源氏は氏神として信仰しました。