私の環境の場合、「Free Window Registry Repair」を使用すると、
動画編集ソフト「Super LoiLoScope」が消えてしまうという問題が起きていました。
（いつも通り起動しようとアイコンをクリックすると、削除していないにも関わらず、インストールが始まってしまう）
試行錯誤を繰り返し、何とか解決したので、対策方法を紹介したいと思います。
GPGPU対応 動画編集ソフト『Super LoiLoScope』
LoiLo 公式HPトップ
http://loilo.tv/
LoiLo公式 Super LoiLoScope直リンク・体験版ダウンロード
http://loilo.tv/product/1/desc
4Gamer.netでの記事
http://www.4gamer.net/games/017/G001762/20081016050/
フリーのレジストリクリーナー『Free Window Registry Repair 2.0』
公式・ダウンロード
http://www.regsofts.com/
使い方など（MikasaPHP様）
http://mikasaphp.net/registry_repair.html
まあ対策方法といっても、Free Window Registry Repairで除外キーの設定をするだけですが(^^;
という訳で、
除外するキーは以下の２つです。
HKEY_USERS\S-1-5-21-1214440339-1677128483-682003330-1003\Software\Classes\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Deployment\SideBySide\2.0
HKEY_USERS\S-1-5-21-1214440339-1677128483-682003330-1003_Classes\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Deployment\SideBySide\2.0
※アンダーラインの所は、お使いのPCによって違うかも知れません。念のためレジストリエディタで「SideBySide」というキーで検索し、確認する事をおすすめします。
この画像を参考に、除外キーの設定をしてください。【クリック推奨】
設定が完了したら、レジストリクリーナーを実行し、LoiLoScopeが消えない事を確認します。
【後書き】
この結論が出るまで非常に時間がかかってしまいました(^^;
除外キーの設定で回避できるのは分かっていたのですが、どのキーを除外設定すれば良いのか、手探りで試行錯誤の繰り返し。
LoiLoが消えてはインストール⇒ライセンスキー登録を繰り返していました。
どなた様かの役に立つTipsになれば幸いです。