なぎログ→★★★☆☆
バイキンメカは出てくるんだけど、どこか蚊帳の外。粉と戦うメインはブラックロールパンナみたいで、ちょっと残念。
主な登場キャラ
ばいきんまん
ドキンちゃん
かびるんるん
バイキンUFO
だだんだん2ごう
ミニもぐりんに乗ったかびるんるん
スーパーもぐりん
スーパーもぐりん2号
あらすじ
学生たちが映画を見ているところに、ばいきんまん＆だだんだん2ごうが登場！すぐに粉にやられてばいばいきんした後はしばらく出番なし。空気をきれいにするうきぐも城で働くローラ姫とロールパンナのやり取りがダラダラと続く。なんか空気を浄化する機械が調子悪いんだってさ。ロールパンナはそれを直すのを手伝ってローラと仲良くなったっぽい。
やっと出てきたばいきんまん！作業着を着てスーパーもぐりんを作ってる。よく分からないカラスがばいきんまんにうきぐも城のことを説明している。相変わらず天才。ばいきんまんはドレスを着たドキンちゃんを連れて、スーパーもぐりんでうきぐも城に現れた。べつに悪いことしてないのに、たまたま来たアンパンに蹴られてバイキン草がいっぱいの森に飛ばされた。ばいきんまんはスーパーもぐりんにバイキン草を食べさせ、バイキン光線を発射し、ロールパンナをブラックロールパンナに変身させた。
原因を作ったアンパンは案の定ブラックロールパンナにやられる。ばいきんまんはスーパーもぐりんでバイキン水（すい）をばらまく！と宣言し、うきぐも城を乗っ取ってバイキンの雨をばらまこうと企てる。ばいきんまんはスーパーもぐりんをスーパーもぐりん2ごうに変身させた。2号は丸い顔っぼい物に足が生えて、上にバイキンUFOがくっついた感じでかわいいが、操縦は難しそう。ブラックロールパンナにやられて地上へ落ちてしまった。
そうしているうちにブラックロールパンナは元に戻り、空気清浄機は直り、めでたしめでたし。
最後の歌が終わってやっと登場したばいきんまんは、なぜか真っ白になっていて、ドキンちゃんはバイキン城に入れなかった。かびるんるんとスーパーもぐりん2号も白くなっていた。