「本・気・伝・歌」
ジェイクが仮面ライダー部をやめて、ロックスターのジーンになると言い出し、仲間たちの心をつなぎ合わせて初めてなれる「絆」が力のコズミックステイツ、ジェイクの心が離れてしまったので、フォーゼが解除してしまった。
ライダー部を辞めて去っていこうとするジェイクに向かって弦太朗は叫んだ。
「お前の理想の大スター『ジーン』は、ゾディアーツの歪んだ力に頼るような安っぽい男なのか？」
だが、その声はジェイクに届かなかった。
ジェイク「スターになるには何かきっかけが必要なんスよ」
マグネットステイツにチェンジしたフォーゼは、超電磁波ボンバーを放つも、カプリコーン・ゾディアーツはジェイクとともに消え去ってしまった。
ジェイクとの絆と共にコズミックの力を失ったことに、弦太朗はショックを隠せない。
翌日、天高で校内放送に出たジェイクはジーンであることを明かし、カプリコーン・ゾディアーツとともにジェイクの歌を披露。おかしな熱狂に包まれる天高生徒たちや大杉ら教師たちに向けて、ジェイクは３日後にジーンゴッドの再結成ライブを開催すると宣言した。
ユウキ、賢吾、友子までジーンの演奏に大興奮。その異常な盛り上がりに弦太朗と流星は危機感を募らせる。放送室に向かおうとすると、賢吾が倒れ、弦太朗は介抱。流星が放送室に駆けつけた時には、ジェイクらはすでに消えていた。
そのころ立神(横山一敏)は、カプリコーンのギターが発する特殊音波がすぺてのスイッチに共鳴すると我望(鶴見辰吾)に進言。失われたコアスイッチも見つかるのでは、と提案する。コアスイッチと聞いて色めき立つ我望。立神にあるスイッチを渡し、五藤(川原亮介)に強烈なパワーを与えた。
カプリコーンのギターに熱狂した後、ユウキたちもぐったり、生気を吸い取られ、ゾンビのようだと驚く美羽と隼。ネットラジオを聞いていた生徒のほうが、症状が重い。弦太朗と流星は、コズミックスイッチに守られているようだ。
弦太朗ら仮面ライダー部は、ジーンゴッド再結成ライブを絶対に阻止しなければならないと作戦会議。
だが、ユウキ・友子・賢吾はカプリコーンの洗脳下にあるから戦力外。脱け殻のような賢吾らを家に帰すと、流星と美羽と隼はジェイクを捕まえようと言うが、弦太朗は別行動をしたいと言い出した。
ジェイクのネットラジオが始まると同時に、流星らはスタジオにやって来るが、中はもぬけのから。そこへ、レオ・ゾディアーツが現れる。どうやらジェイクとカプリコーンは別の場所から放送して、流星らはまんまと罠にはまったらしい。
レオ「かかったのは、雑魚ばかりか」。
美羽と隼がレオの一撃で倒されるのを確認した流星は、逃げたふりをしてメテオに変身。しかし、アリエスやキャンサーにもチェンジする力を身につけたレオは、メテオを追い込む。そんなメテオはタチバナによって、意思に反して救出されるが、変身を解除した流星はボロボロになり意識を失ってしまう。
入院した流星らをよそに弦太朗は、一人の漁師(志水正義)と釣りの真っ最中。釣り上げた魚はまだ小さすぎると、魚を釣って何かを教えてくれとせがんでいる。美羽の電話にも復活ライブには戻るとだけ言うと、弦太朗は電話を切ってしまう。美羽は大激怒、隼は弦太朗が秘密の特訓をしているに違いないと言った。
復活ライブ当日。流星は会場にやってくるとメテオに変身。レオ・ゾディアーツが再び襲いかかる。メテオはリベンジとばかりに立ち向かうが、レオの圧倒的な力に一方的に攻撃を受ける。
そのころ、ライブハウスのステージでは、カプリコーンがギターを弾きながら登場。観客らは大興奮。ジーンが歌を歌おうとしたその時、弦太朗がギターを持って現れた。
「さあ、歌え、JK！俺のギターで」。と弦太朗が演奏を始めた。観客らは「へたくそ」「やめろ」とブーイング。しかし、その曲はジェイクが幼い頃に、父親のギターで歌っていたあの曲だった。
弦太朗は、今は漁師となっているジェイクの父親から、魚を釣ることを条件に、ギターを習ってきたのだ。
ボロボロになった手を見て「こんな俺のために」と感激するジェイク。カプリコーンのギターと比べ物にならない下手くそな弦太朗のギター、そしてジェイクは下手くそな歌で「親父のBlous」を披露する。たちまち観客の爆笑に包まれるライブハウス。それでも、2人はやめようとせず、最後まで歌い終わると、本当の理想のジーンとなったジェイクは、弦太朗と友達のシルシを交わす。
すると、同時に賢吾ら観客たちは正気に戻った。観客たちは、ステージのカプリコーンを見て、驚いてライブハウスから逃げ出した。
どうやら弦太朗の魂を込めたロックが、観客の天高の生徒たちの目を覚ましたらしい。
怒り狂うカプリコーン。しかし、ジェイクが戻り、コズミックの力を取り戻したフォーゼに怖いものは無い。弦太朗は意を決してフォーゼに変身する。
一方、追い詰められていたメテオは、レオの右足首に攻撃を集中し、状況を打開、レオはとどめを刺すことが出来ずに逃亡する。
そして、コズミックステイツにチェンジしたフォーゼは、カプリコーンを圧倒。最後は宇宙にワープして、ライダー超銀河フィニッシュでとどめを刺す。
ヴァルゴが五藤とスイッチを回収し、我望の前に。カプリコーンはいい仕事をしてくれと、五藤は記憶を消されて、放り出された。
何も覚えていないと言う五藤とジェイクはかつてのような仲の良い友達に戻った。仮面ライダー部メンバーに土下座をして謝り、ジェイクはめでたく仮面ライダー部に復帰した。そして、自ら歌をやめることを宣言した。ジェイクは、けじめとしてジーンとしてのネットラジオを終了させる。
しかし、我望は歌星(風間トオル)が使って、失われたと思われていた、コアスイッチのエナジーをしっかり感じ取っていた。
「おそらくはこの学園の生徒が持っている」
我望の新たな野望とは・・・。