人工内耳の手術をするために東京で生みの母・遥（井上晴美）と暮らし始め、東京の聾学校の高校に通うことになった美波（山下リオ）。
夏休みに海司（村上一志）に会うことを楽しみに小豆島に帰ってきた美波。美波と海司は一緒にいられることがうれしくてたまらない。しかし、「つかこし」の店で元同級生と、美波の東京での生活の写真や話の端々に陸（井澤勇貴）の存在を感じ、陸を頼りにしていることに気づき、海司は不安と不満でいっぱいになる。
海司の不満は爆発し、美波はようやく自分のしていたことに気づく。陸とは何もない、ちゃんと話をしたい、と美波は海司に伝えようとするが海司は会ってもくれない。そんな時、東京の遥が怪我をしたと知らせが入り、とうとう海司に会えないまま東京に帰らなければならなかった。
海司とうまくいかないことに涙をみせる美波。その姿に胸を締め付けられた陸は思わず美波にキスをしてしまう。
ところが美波を追って東京にやってきた海司がそんな二人を見ていた。ショックを受けた海司は小豆島に戻り、もう美波と連絡を取ろうとはしなかった。
美波は海司に毎日ファックスを送り続ける。しかし返事はなく、美波は海司の誕生日に小豆島に帰ることを決める。直接会って陸とはなんでもない、と改めて言おうと思ったのだ。そのことを千絵（宮澤佐江）から海司に伝えてもらおうとするが、千絵も海司が好きなので伝えなかった。
美波と海司が距離を置き始めて数ヶ月。美波はついに耳の手術に臨むことになる。しかし、海司の声を聞いてみたい、という想いで耳の手術をすることを決めた美波にとっては、頑張る目標がみつからずにいた。
やはり美波を心配な海司は急いで小豆島から東京の病院へ駆けつけ、美波の手術に付き添った。美波は耳が聞こえるようになって海司の声を聞くのを楽しみにしていた。美波への気持ちを再確認した海司は、陸に美波を幸せにすると誓う。
美波は海司に「サルくんとブタさん」の絵本をプレゼント、海司は美波に浜崎あゆみのCD「Depend on you」をプレゼントして、自分のポータブルCDを渡して一緒に聞こうと約束をした。
手術の結果が分かる日に、遥と久美子が美波につきそい、病院に行くと美波は音の無い世界のままだった。
小豆島の兼松家に久美子から電話があり、父と祖父は美波の手術は成功せず、耳が聞こえないままだと知らされた。
東京から美波がいなくなった。小豆島へ行ったようだと聞いた海司は、美波を探して島中を走り回る。心当たりを探しても美波は見つからない。美波は海岸で海司にもらったのに、聞こえないCDをかけて泣いていた。海岸でヘッドホンを見つけた海司は一緒にCDを聞こうと言ったことを後悔して美波の名前を呼ぶと、美波の吹く笛の音が聞こえて秘密の島で見つけて抱きしめた。
美波は海司にポータブルCDを返し、海司の声が聞けなくなった。この島でお祈りしたのに願いが叶わなかったと手話で言うと、海司はまだ先に方法が見つかって聞こえるようになるかもしれない。
「美波には聞こえなくても俺の心が届く、俺には美波の心の声が届くそれでええやんか」と言って、
「おれが美波の声になったる。あの約束一生守る」と書いたメモ帳を渡した。
海司はブタ、美波はサルのマネをして二人は抱き合い、海司のおかげで美波に笑顔が戻った。
一生一緒にいようと約束した。
高校2年生になった美波（山下リオ）は、卒業後の進路について考え始めていた。小豆島に戻ろうと決めた美波に、海司（村上一志）や久美子（粟田麗）、裕一（布川敏和）たちは大喜び。そんなとき、美波の描いたイラストが雑誌に掲載される。
美大に進みたいという新たな夢を持った美波。しかし小豆島から通える美大はない。海司はそんな美波の気持ちを大切にし、高校を卒業したら自分が東京に出て行く、と約束する。海司の父・清二（おかやまはじめ）は海司がそうしたいなら、と賛成するが母・成美（円城寺あや）はオリーブ園の後継者がいなくなる、と言い出す。
冬休み、東京に海司が美波に会いに行ったとき、聾学校の同級生と会い、佐山晶（日和佑貴）くんに彼女の幸せを願うなら別れたほうがいい、健常者との壁は越えられないと手話で言われ、悩む海司。
海司が高校卒業後に東京に行くと決めたことで、オリーブ園の後継者がいなくなると問題になっていることを知った美波。海司は気にしなくていい、と言うが美波は戸惑う。しかしこの件は思っていた以上に波紋を呼び、海司は両親と美波の間で悩み始めていた。
美波のことで頑張ると言った海司に、海司のことが好きだった千絵（宮澤佐江）はその想いをぶつける。千絵が海司にキスをした現場を見てしまった美波はショックで、海司の言葉も受け付けない。お互いの夢をかなえる方法も見つからず、自分と海司の関係に自信が持てなくなってしまった美波は海司に会わずに東京に帰ろうとしていた。海司は前の夜から朝まで美波の家の前で待っていて、誤解を解こうとしていた。
お互いに好きなのに、一緒にいたいだけなのに、二人がお互いの夢を守りたいと思うとどんどん距離が離れてしまう美波と海司。お互いのことを思いやればこそ、より気持ちが伝わりにくくなっていた。
美波は海司に別れを手話で告げた。
しかし諦めきれない美波と海司は、もう一度話し合い、やり直せたら、とそれぞれ灯台に向かう。しかし、二人が出会うことなく、海司は秘密の島のガラスのブイの中の貝殻に、美波が「今までありがとう さようなら」と書いた貝を見つける。
2002年、海司との別れから3年。20歳になった美波（鈴木亜美）は東京で美大に通い、忙しさを言い訳に小豆島に帰ることもなくなっていた。陸（坂本爽）は医大生となりそんな美波に寄り添う。しかし美波の美大の先輩・佐々木（北条隆博）もなにかと美波に親切で、美波もまんざらでもない様子だった。
偶然にも東京の街の交差点で再会してしまった美波と海司（田中幸太朗）。佐々木先輩が美波に声をかけたため、何事もなかったかのように別れたが、美波も海司も心に痛みを覚える。
海司と会った陸が３年間美波が小豆島に帰らなかったのは、何故だと思うと言われ、あることに気づかされた海司は、美波にもう一度会って話したい、とFAXで伝える。
3年前に美波が灯台に来なかったことで振られたと思い続けていた海司。一方美波は海司が秘密の島に来なかったことで振られたと思い込んでいた。
あの時、道路工事で灯台に行けなかった美波は、携帯にメールで秘密の島で待つと打って待っていたが、海司が行った時には、工事は終わっていて灯台でずっと待っていたのだ。海司は携帯電話を家に忘れていたから連絡がとれなかった。
お互いにすれ違っていたことに気づいた二人は、笑い合う。
海司とのわだかまりも溶け、成人式に出席するために美波は小豆島に帰る。そこで同窓会の時に海司は毎週末に高松にいる彼女に会いに行っていると聞かされ、美波は寂しさを感じる。海司はそんな美波を高松に行く前に秘密の島へ連れ出そうとする。美波は海司が高松に行く前に、秘密の島なんか行かない。笛を投げつけ、早く高松に行くように言った。
実は海司は家計を助けるために、高松の建設現場でバイトをしていたのだ。優しくしてくれる先輩の岩村良平（大沢健）のアドバイスで、美波が東京に帰る前にちゃんと話せるのは今日しかないと美波にメールを送った。
彼女と会いに高松に行っているというのが嘘で、みんなには内緒でバイトに行っている事を告白した。
海司は３年間美波のことを思っていたと告げ、美波も海司とこの島のことをずっと思っていたと手話で告げた。海司は再び笛を美波に渡した。
海司は美波と１月中旬の、東京の個展の日に会うことを約束して、次の日に美波をフェリー乗り場で見送った。
東京のカフェで個展を開いた日に美波はたくさんのお客さんに応対をした。陸を始め陽子（金子さやか）や小豆島から久美子（粟田麗）、裕一（布川敏和）、英治（左とん平）もやって来た。
海司もメールでバイトが終わったら駆けつけると美波に約束したが、夜になって個展が終わっても来なくて、メールで「ごめん 会えない」と知らせが入った。
その日から海司はいなくなってしまった。
つづく