マンボウ科には、現在、マンボウ属、ヤリマンボウ属、クサビフグ属の三属が知られています。

マンボウ 体長約3メートル

ヤリマンボウ 体長約3メートル

クサビフグ 体長約1メートル
さらに、マンボウ科マンボウ属には、全世界の熱帯・温帯の海に広く分布するマンボウ(Mola mola)のほかに、南半球に生息するゴウシュウマンボウ(Mola ramsayi)の二種がこれまで知られてきました。
しかし、近年のミトコンドリアDNA解析に基づく研究によって、これまで一種とみなされてきたマンボウ(mora mora)には、遺伝的距離の遠い二つの集団があることが分かりました。現在ではこの二つの集団は別種とみなされています。
マンボウから新たに分離された種には学名がまだ付けられていませんが、2010年に発表された論文では、ウシマンボウという和名が付けられました。この和名は、漁業者が用いるいくつかの通称の中から選ばれたそうです。
ちなみに、マンボウとウシマンボウでは、2mを越える大型個体で舵鰭(かじびれ)の形状が大きく異なるとされています。