電車が発車する際、発車案内放送の後にホームのスピーカーから鳴動する発車ブザーが独特の音色（「ゲー」とも表現されることがある）であった。ホーム柵設置によるワンマン運転開始後、東西線（2009年4月1日から）、南北線（2013年4月1日から）では車両の外側に備え付けられた車外ブザーのみで対応するようになったためにこの発車ブザーが無くなり、東豊線は2017年4月1日をもってホーム柵設置によるワンマン運転を開始したため、ホームのブザー音は全廃した。
2019年2月4日より、札幌市営地下鉄としては初めてとなる列車接近メロディーが一部の駅で導入された。これは1972年の札幌冬季五輪のテーマソング『虹と雪のバラード』のサビ部分を電子音でアレンジした。
各路線の終端駅は全て島式ホームに統一されている。東豊線延長部以降に延伸された区間では建設費を抑えるため途中駅も全て島式ホームである。
2000年4月より駅業務は財団法人札幌市交通事業振興公社へ順次委託され、2007年度には全駅の業務委託化が完了。将来的には運転業務も含めた全業務を委託する計画。