コスメルは石灰岩でできた平坦な島であり、その結果カルスト地形が発達している。島の最高点は海抜15mである。コスメルには、数千年の間に柔らかい石灰岩の土壌を通じて陥没穴に地下水が溜まったセノーテがある。コスメルのセノーテは、適切に登録されたダイバーのみに利用を制限している。1990年代初頭に、ここで洞窟探検家のグループが、世界で5番目に大きい水中洞窟を発見した。島を取り囲む美しいサンゴ礁を最も楽しめるスキューバダイビングは、現在でも依然として島の観光の目玉の一つである。これらのサンゴ礁は、主に島の大陸に向いた側に発達し、島の自然地理によってカリブ海から保護されている。1996年に、メキシコの政府はコスメルリーフ国立海洋公園を設立し、公園の境界内の海洋生物に触れたり、採取したりするのを禁止した。コスメルの観光業に占めるサンゴ礁の重要性にもかかわらず、1990年代に水深の深い桟橋が建設され、珊瑚礁に被害を与えた。現在では、この桟橋にはカリブ海のクルーズ船が定期的に就航している。 島ではさまざまなマリンスポーツが楽しめ、カイトサーフィンやパラセーリングも楽しめる。島には300を超えるホテルがあり、観光客向けの土産物屋やレストランも数多い。工業製品や食品はすべて本土から船で運ばれ、水は島にある3つの淡水化施設から供給される。