
2009年(平成21年)4月1日、グループ企業ではなかったものの、同根かつ母体企業の一つである明治製菓と共同持株会社「明治ホールディングス株式会社」を設立し、明治乳業は明治ホールディングスの完全子会社となり、ブランドマークも一新された。
2011年4月1日に株式会社 明治へ商号変更し、明治製菓から菓子・食品・一般用医薬品(主にイソジンうがい薬など)事業が移管された。この一連の経営統合・事業再編によって、明治グループの食品事業は株式会社 明治に一本化されることになった。
2009年(平成21年)3月 - 「明治おいしい牛乳」の姉妹品として、乳脂肪分を1.5%に抑えた「明治おいしい低脂肪乳」を全国展開。