瀬棚線 全線開通 昭和７年１１月１日現役区間:長万部－中ノ沢－国縫－
廃止区間:国縫－茶屋川－美利河－花石－北住吉－種川－今金－神丘－丹羽－北檜山－瀬棚
瀬棚港からの物資輸送に多用されていたが、モータリゼーションの進展やコンテナ輸送への転換によって利便性および機動性に優れたトラック輸送に移行するようになり、1980年(昭和55年)12月27日に国鉄再建法が成立すると第2次特定地方交通線に指定され国鉄分割民営化直前の1987年(昭和62年)3月16日に全線廃止となった。
線内は普通列車のみで原則的に長万部駅から発着した。全線を通して運転する列車のほか、終点側の今金駅 - 瀬棚駅間に区間列車が設定されていた。
1966年(昭和41年)10月1日からは、函館駅 - 瀬棚駅間を直通する急行「せたな」が1日1往復運転されていたが、1984年(昭和59年)2月1日に快速列車となった。快速格下げ前時点で「せたな」は瀬棚線内では普通列車として運転していた。
廃止後の鉄道代替バスは、函館バスが瀬棚線として、国・北海道・沿線3町(今金町・長万部町・せたな町)の補助金を受け、上三本杉 - 長万部バスターミナル間を運行している。通学路線としての色合いを強めており、土日祭日・学休日運休の区間便が設定されている。
2011年4月現在、全線通しでは7往復が設定され、鉄道時代から一部のルートを変更した快速「瀬棚号」1往復が函館バスセンターまで乗り入れる。
