今回、ダイヤログボックスが文字化けしたりするので、Eclipse3.2をVineLinux3.2とWindowsXPにインストールして動作を確認してみました。
Linuxで作ったjarファイルがWindowsでそのまま動作するのは、わかってはいるけれどやっぱりすごい! また、Linuxで作成したEclipseのProject以下をそのままWindowsXP上のEclipseのワークスペースにコピーしてインポートすると、そのままでは文字化けするけれども、「トラブル1」と同じ操作でWindowsXPのEclipseのコードを"MS932"から"EUC-JP”に変更すると文字化けが直ります。コードレベルでそのまま互換性があります。
また、hsqldbについてもそのままコピーするだけで使用できます(?)(あっ! hsqldbでは、数字と日付しか確認していいなかった。日本語の文字列を確認しておかなければ。まあ、hsqldbもJAVAで動作しているみたいだから、多分大丈夫だろう!?)

Eclipseを使う上でLinux環境とWindows環境を比較してみると、やはりWindowsの方に一日の長があります。実際、インターネットで調べると、Windows環境でJAVAを使用して開発している人の方が断然多いようです。やはり、日本語コードの問題だと思います。今回もダイヤログボックスが文字化けしてしまい、Eclipseに合わせてjreのfontconfig.propertiesを設定すると、今度はJAVAで開発している"hsqldb Tools"のダイヤログボックスが文字化けしてしまいました。Windows環境ではこういったことはありません。このあたりのアプリケーションごとの整合性といったようなことではLinuxはWindowsにかないません。一社が独占して販売しているWindowsならではです。Linuxの場合はディストリビューションの数が多く、Eclipse開発グループでいちいち動作確認していられないし、無償でやってられないでしょう。
また動作速度についても少しWindows環境の方が早いのではないかと思います。
使用したのは
Pentium4 524(3.06GHz)
Sempron 2600+
でした。ほぼ動作速度が変わらないか、どちらかというとPentium4の方が少し速いかもしれません。体感速度でそれほど差はありませんが、どちらかというとWindowsXPの方が速いかな、という程度です。