記事によると、
一番最初に、自由席か指定席を選ばないといけないらしい。
自分の場合は、多くの人がそうだろうとは思うのですが、
１．目的地の選択
２．経路の選択
３．乗る列車の種別
４．その列車の席の種別
という順番で思考が進むのではないかと思います。
それが最初に席を選ぶことから始まるらしい。
記事中にあるような不満はあるのでしょうけど、
結局、操作や設定を理解できておらず、最も多い苦情は、
自由席のつもりなのに指定席になってしまった。（もしくはその逆）
なのではないかと思います。
なので、一番最初に選択させる手順にしたのだろうと思います。
追記
もっとも、自由席なら列車を選ぶ必要がないので、指定席の場合と比べて、購入手順が違うので、先に指定席か自由席を選ぶのは利にかなっていると思います。