The place where I should be is where you are.
place 「場所」 where SV 「SがVするところの場所」
isの後ろ、すぐにwhereが来ているのは、whereが先行詞を含んでいるからです。本来ならthe place where you areですが、the placeをもう一度出すとくどい気がしたので、略した形にしました。
文字どおりには「私がいるべき場所はあなたがいる場所」となります。ここでの「あなた」とは当然、恋人のことです。一昨日まではそう信じていました。ところが一昨日、恋人と電話で話すうち、話が思わぬ方向に進み、結果的に私の彼への愛が揺らぎました。彼を愛し続ける自信がなくなってきたのです。理由は話せませんが…。どうするべきかは自分で決めます。ただ、しばらくは保留です。