当院は8世紀、最澄の時代に比叡山に建立された円融房に起源を持ち、後に比叡山東麓の坂本（現・滋賀県大津市坂本）に移され、たび重なる移転の後、1871年（明治4年）に現在地に移された[2][3]。「三千院」あるいは「三千院門跡」という寺名は大原に移転して以降使われるようになったもので、それ以前は「円融院（円融房）」「円徳院」「梨本門跡」「梶井宮」「梶井門跡」などと呼ばれた[4][5]。一方、境内にある往生極楽院（旧称・極楽院）は、平安時代末期の12世紀から大原の地にあった阿弥陀堂であり、1871年（明治4年）に梶井門跡の本坊がこの地に移転してきてからその境内に取り込まれたもので、三千院と往生極楽院は元来は別々の寺院である。
境内には往生極楽院のほか、宸殿、客殿などの建物がある。このうち、境内南側の庭園内にある往生極楽院内部には国宝の阿弥陀三尊像が安置されている。