で、タイトルにある通り、どうやら列車で往復されるようです。
以下抜粋
http://rail.main.jp/6000/index.php?topic=7.105
---ｺｺｶﾗ---
本日、10月23日付の茨城新聞に「つくばエクスプレスつくば駅より帰られる（引用まま）」と書かれているのを確認しました。前後のスケジュールから察しても、TXでのご帰京が実現するのは確実でしょう。
ネットでは茨城新聞の記事が配信されていないので、帰りの情報が不明瞭でしたが、印刷媒体として提供がありましたので、もはや疑う余地はありません。情報を提供して頂き感謝しています。
さて、改めて詳細をまとめてみると、
・11月12日
・天皇皇后両陛下、スペイン国王夫妻。
・筑波宇宙センター、筑波大学などをご訪問。
・往路：E655系初運用（都内→土浦）
・復路：つくばエクスプレス（つくば→都内）
～～
到着駅の件ですが、荒川区議の公式ブログに掲載されていました。
http://kosakaeiji.seesaa.net/article/109203725.html
南千住駅で下車され、首都高速堤通ランプを経由して陸路で帰られるようです。
---ｺｺﾏﾃﾞ---
マジっすka!! TXにお乗りになるとは乗り鉄っすか さすが陛下！！
つか、新型御召し列車初運用っすか
もう、撮り鉄涙目の1日ジャン？ TX御召し列車なんてもう絶対無いぜおぃ
そんなわけで、列車の運転は彼にお任せ
http://www.youtube.com/watch?v=Erj0uNyHPhM
(写真はGoogle検索上位からお借りいたしました)