前回に引き続き、2019年度の12号目のネイチャーのハイライトより。
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がんゲノミクス：乳がんの遅発性再発の予測を向上させる
Nature 567, 7748
2019年3月21日
がんゲノミクス：乳がんの遅発性再発の予測を向上させる
Nature 567, 7748
2019年3月21日
乳がん患者の長期的な管理では、再発リスクを明らかにすることが必要だが、それはまだ達成されていない。再発予測が向上すれば、個別化治療改善の助けとなり、フォローアップ治療の質が高まるだろう。C Curtisたちは今回、長期間の追跡調査データを用いて、臨床エンドポイントと関連リスクをモデル化した。彼らはさまざまな再発リスクの前兆となる統合分子サブグループを明らかにして、遅発性再発グループを特定し、標準的な臨床共変量以上に予測に役立つと考えられる枠組みを示した。
Letter p.399
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本論文においては、日本語版本誌では、「がんゲノミクス：乳がんの再発動態から明らかになった遅発性再発ER陽性ゲノムサブグループ」と題されています。
フルテキストを直訳しますと・・・
乳癌再発のダイナミクスは、後期再発ER陽性ゲノムサブグループを明らかにする
となり、Abstractを直訳しますと・・・
長期的かつ詳細な追跡データを持つ分子的に特徴付けられた患者コホートが不足しているため、乳がんにおける致死的な全身性拡散の割合と経路はよく理解されていません。長期のフォローアップは、エストロゲン受容体（ER）陽性の乳癌患者にとって特に重要であり、初期診断から最大20年間再発する可能性があります[1,2,3,4,5,6]。したがって、晩期再発のリスクが高い患者を特定することが不可欠です[7,8,9]。ここでは、個別の再発リスク予測を生み出しながら、異なる疾患段階（局所再発、遠隔再発、乳がん関連死亡および他の原因による死亡）と乳がん死亡の競合リスクをモデル化する統計的フレームワークを示します。分子データが利用できる1,980人を含む3,240人の乳癌患者にこのモデルを適用し、分子情報のさまざまなカテゴリー（すなわち、免疫組織化学的サブタイプ;遺伝子発現パターンに基づくPAM50サブタイプ）全体の再発の時空間パターンを描きます[10,11] ;およびゲノムのコピー数の変化と遺伝子発現のパターンに基づく、統合型またはIntClustサブタイプ[12,13]）。 ERが陽性であり、ヒト上皮成長因子受容体2が陰性である腫瘍の約4分の1（26％）を構成する、4つの晩発性の統合型サブタイプを特定します。診断後最大20年の再発（平均47〜62％）。また、がんが5年後に再発することがほとんどないトリプルネガティブ乳がんのサブグループと、患者がリスクを維持している別のサブグループも定義します。統合サブタイプを使用すると、臨床的共変量で可能なもの（リンパ節の状態、腫瘍のサイズ、腫瘍の悪性度、および免疫組織化学的サブタイプ）を超えて、後期の遠隔再発の予測が改善されます。これらの調査結果は、改善された患者の層別化とバイオマーカー主導の臨床試験の機会を強調しています。
となります。
フルテキストは下記です。詳細が必要な方はご購入をお願いいたします。
Full Text：Letter p.399
Code availabilityによりますと・・・
すべてのコードとスクリプトは、https：//github.com/cclab-brca/brcarepredで学術目的で使用できます。
Data availabilityによりますと・・・
ゲノムのコピー数、遺伝子発現、分子サブタイプの情報は以前に説明されており12、https：//www.ebi.ac.uk/ega/studies/EGAS00000000083のEuropean Genome-Phenome Archiveから入手できます。臨床データは補足表5–8にあります。乳がん再発予測因子は、https：//caldaslab.cruk.cam.ac.uk/brcarepredで学術用途のWebアプリケーションとして利用できます。
究極に溜まりに溜まったネイチャー。次回は、「医学研究：嚢胞性繊維症におけるイオン分泌と気道防御の回復」を取り上げます。
※主治医の指示に従い、療養中ですが、気圧が安定しないため、寝込むことが多くなっているj状態です。情報の洪水の中での情報収集していることもあって、巡回等、ブログ活動の途中で寝落ち爆睡することが多々あるかと思います。巡回途中ですが、休み休みで遅くなったので、取り急ぎ取り上げさせていただきました。巡回等ブログ活動が進んでおらず、本当に申し訳ございません。
