ひとつブレークスルーになりそうな発見。

コマンドプロンプトからglf2img2.exe だけを起動すると、入力待ち?の状態になってしまい、
どういった引数を指定すればいいのか全くわからないが、
「glf2img2.exe -pen」で起動すると指定可能な引数の一覧が表示された。
これでHPGL2から変換する時のペン番号指定は解決出来そうな雰囲気。