武装神姫はマスターを補佐する直径15cのパートナーでマスターが思いの武器を装備させては戦っていた
理人はパートナーのアンと高校生活をスタートさせます
入学式当日
理人はアンの助けを借りて高校に向かいます
アンは理人が学校に行っている間に届いた荷物の整理をしようとした時に神姫のアイネスとレーネが出てきて３人で部屋の片付けを悪戦苦闘しながらも進めていたがアイネスがうっかりナイフを大切なものの箱に刺さってしまいます
だが中身を確認をしていた時に理人の大切な手紙を見付けますが風で飛ばされてしまいます
アンとアイネスとレーネは手紙を見付けますが別の神姫と鉢合わせになりバトルになりやり合います
そして３人は時間になり家に戻りアンは理人の世話をすると誓います
だがその夜理人は新しい長方形の箱を見付けて中身を確認すると全く新しい神姫の姿が有った…
という展開です