後醍醐天皇は、持明院統でないことはもちろん、大覚寺統ですらない、と思っているんです。
と、いうと、たいていの歴史の先生には、は？ 何言うてんの？？ と失笑されると思います。
そもそも、後醍醐天皇自身は、後宇多天皇の第二皇子で、兄の後二条天皇が死去したため、兄の遺児で皇太子であった邦良親王が成人するまでの“中継”として天皇となったにすぎない人物でした。（このあたりの詳しい話は拙著『日本人の８割が知らなかった本当の日本史』をお読みください。）
変な言い方をあえてしますと、
後宇多法皇－後二条天皇－邦良親王－康仁親王
の流れこそが、「大覚寺統」のハズなんです。
しかし、後醍醐天皇は、「おれは中継なんかじゃないぞ！」という強い意志を持ち、自分自身の皇統を樹立しようとしたのではないか、と思うんです。
まず、生前より後醍醐天皇と名乗っているところなど、その意志を感じます。
父は「後宇多」、自分は「後醍醐」。
平安時代、天皇親政の理想であったといわれる、「宇多天皇－醍醐天皇」の時代を意識していることは確かです。
後醍醐天皇は、大覚寺統の邦良親王の子どもたちを皇位継承権者から除外し、（大覚寺統ではない）自分の子、恒良親王を皇太子とします。
朝令暮改、一つの政策意志を感じさせない「建武の新政」にあって、唯一の（というと言い過ぎですが）確固たる“政策”がこれでした。
言い過ぎついでに、言うと、後醍醐天皇が倒幕を考えたのは、幕府が父、後宇多法皇の遺志を認め、自分を単なる中継として後二条天皇－邦良親王を大覚寺統と公認していたからではないでしょうか。
自分の皇統を立てるためには鎌倉幕府はじゃまだ！ という意志です。
ところが、ご存知のように建武の新政は失敗、足利尊氏が関東で挙兵して天皇と対立します。
尊氏は一時破れて九州にのがれますが、勢力を回復して京都にせまります。
楠木正成が湊川の戦いで敗死、新田義貞が逃げてくると、後醍醐天皇は比叡山に逃れました。
このとき、足利尊氏は後醍醐天皇に使いを送り、和睦を進められました。
新田義貞らを無視し、後醍醐天皇は尊氏と和睦をしようとしたのですが、新田一族の堀口貞満がキレます！
新田一族の忠義を無視して京都に行くなら、われらの首をみな刎ねてからにしてください！
新田の屍をこえて尊氏と和睦なされよ！ という悲痛といえるべき叫びです。
後醍醐天皇は、「三種の神器」を用意し、恒良親王になんと“天皇”の位を譲り、新田義貞、脇屋義助ら兄弟にその補佐を任じて（つまり正当な官軍であると認めて）比叡山をおり、恒良親王と新田義貞らは北陸へと脱出したのでした。
これ…
どう考えたらいいんでしょう…
足利尊氏の鼻をあかしてやるために、もはや天皇は私ではない、北陸にいるのだ！ という作戦だったのでしょうか…
それとも、新田一族がうるさいので、和睦をうまく進めるために（その場しのぎのために）、新田一族と自分を分離したのでしょうか…
このままだと、「北陸と京都」に朝廷ができて、笑い話みたいですが、光明天皇－足利尊氏が「南朝」になっちゃうところでした。
実際、恒良親王は北陸から綸旨を発給して政治や軍事の指示を出しているので、恒良親王は“天皇”として行動しています。
比叡山をおりた後醍醐天皇は、尊氏と和睦して光明天皇を認めた、と、みせかけて京都を脱出。
光明天皇に譲った「三種の神器」、あれはニセモノだ！ わははは！
と宣言して、吉野で朝廷を開いちゃうんです。
ええ… ちょっとちょっと…
恒良親王にも「三種の神器」を渡し、光明天皇にも「三種の神器」を渡し、で、自分がホンモノの「三種の神器」を持っていたの？？ となります。
北－中－南
の「三朝鼎立時代」じゃないですか…
しかし、恒良は「天皇」とは認められず、記録上は親王のまま、と、されています。
南北朝時代の混乱の中、一時期、天皇となったはずの人物がおられた、という話でした。