屋根の加工も試みましたが、残念ながら上手くいきませんでした。でも一応紹介しておきます。
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上がTOMIX、下がマイクロエース。クーラーの位置が違いますが、正しいのはマイクロエース。TOMIXは209系0番台初期車を流用しているので、このようなことになっています。全車両で仕様を統一するためか、E501系専用パーツであるはずのモハE501もクーラーの位置が間違っています。1形式だけクーラーの位置が違うのも変ですし、あえてそうしたのかもしれません。

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このエラーを、2枚の屋根を切り継ぐことで解決しようと試みました。この加工をするため、2年以上前にTOMIXの通販サイト「テックステーション」で209系の屋根を購入しておきました。

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まず、車体に差し込むツメをガイドに、屋根を切断します。

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次に2つ目の屋根パーツからクーラー取り付け部付近を切り出し。今度はツメが無いところで切断するので、プラ板をマスキングテープで貼り付けてガイドにしています。

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屋根を切り継ぎするにあたり、こんな冶具を作ってみました。細長く切ったプラ板の両脇にプラ棒を貼り付けただけですが。長さ15cm。

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プラ棒は屋根裏側のツメに合わせて貼り付けられており、屋根を固定することができます。こうすることで、屋根が曲がって接着されてしまうのを防ぎます。
この冶具を使って、切り出した屋根をABS用セメントで接着してみたのですが…

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継ぎ目が想像以上に目立ちます。もう少し目立たなくできるかなと思いましたが、予測が甘かった。両肩のランボード部分はパテで修正できそうですが、ビードが入っている部分にパテを盛りつけたらモールドが埋まってしまいますからね… これではやらないほうがましです。
というわけで、屋根の加工は断念して床下の改造に集中することにしました。でも、そうするとせっかく買った屋根パーツがたくさん余ってしまうんですよね(笑) 何か使い道はないかなぁ