復興特別所得税について、平成25年1月から平成49年12月までの25年間適用されることは
周知の事実ですが、「平成25年1月から」というのは発生ベースなのか支払いベースなのか
疑問ですよね？
国税庁のページに記載してありましたので、以下拝借します。
Q12：
平成 24 年 10 月分の未払給与を平成 25 年１月に支払う場合でも、復興特別所得税を
源泉徴収する必要がありますか。
A12:
復興特別所得税は、居住者又は非居住者については平成 25 年から平成 49 年までの各年
分の所得に係る一定の所得税額を、内国法人又は外国法人については平成 25 年１月１日か
ら平成49年12月31日までの間に生ずる所得に係る一定の所得税額を基準として課税する
こととされています（復興財源確保法第９条）。
お尋ねの給与は、平成 24 年 10 月に支払が確定している所得ですから平成 24 年分の所得
となります。
したがって、実際の支払が平成 25 年１月１日以後になったとしても、復興特別所得税を
源泉徴収する必要はありません。
このように記載があります。事例は「給与」ですが、これが「報酬・料金」でも同じ
と考えて良いと思います。
つまり、支払ベースではなく、発生ベースで考えるということです。
いつ発生した所得か（支払い側の立場から言えばいつの経費か）で判断すれば良さそう
ですね。
＜参考＞
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/fukko/pdf/02.pdf