ＦＦ１３クリア後、同時並行的にゲームアーカイブスでＤＬしたゼノギアスをやっていました。
一応エンディングまで迎えたのですが、ストーリーが難解なので設定考証をして整理してみる俺得記事。
クリアしたんだけど話がよくわからんかったという人にも役立つはずｗ
絶版の公式設定資料集はプレミア価格２万とかなんで、解説サイトを参考にさせていただきました。
まずは最大の伏線であったＯＰムービーがらみの物が
本作ゼノギアス（エピソード５）でどうなっているかについて。
ゾハル
２０ＸＸ年地球（ロストエルサレム ＯＰムービーでの「本星」）で発掘された謎の物体。
可能性事象をエネルギーとして変換可能（事象変異機関）で某大なエネルギーを発生できるため下記デウスシステムのエネルギー源とされる。
波動存在
波動存在は４次元宇宙以前の無であり、またより高次元の存在。
今の４次元宇宙の始まりであるビッグバンはこの波動の拡散である。
現在のゾハルには起動実験時の事故（事象変異機関であるゾハルがセフィロートの道とよばれる４次元宇宙と高次元との接点を開通したこと）によって高次元の波動存在を内包している。
波動存在はゾハルという３次元物質の檻からの解放、高次元への回帰を望んでいるため、
接触者を使ってデウスシステムの破壊、ゾハルからの解放をするように導いている。
デウスシステム（恒星間戦略統合兵器）
星間戦争時代に開発された全宇宙を征服できるほどの戦力をもつ兵器。
デウスシステムは下記のものから構成される。
カドモニ・・・デウスシステムの制御装置（※詳細）（通称アルパ１）
デウス本体・・・惑星を消滅させるほどの威力を持つ主兵器（通称オメガ１）
機動端末兵器群・・・デウスによって生産される小型兵器群、攻撃、デウス防衛等を行う。
グラーフによって起動されたエルドリッジ搭載されていた初期型は
ディアボロス軍団と呼ばれた。
復活したデウスシステムによって生産されたものはアイオーンを呼ばれる。
上記の兵器群（デウスシステム）搭載する母艦
ソラリス（５００年前）やカレルレンの建造したものはメルカバーと呼ばれる。
カレルレンのメルカバーを撃墜されたデウスシステムはゼノギアスの舞台となった惑星自体を
テラフォーミングによって改造しようとした。
※カドモニはさらに下記のものから構成される。
カドモニにはデウス修復プログラム（システムハッワー）内蔵がされており
このデウス修復プラグラムこそがゼノギアスにおける人間に定められた運命であり、
この運命に立ち向かうことがゼノギアスの物語の主題。
ペルソナ・・・主素子。
アニムス・・・生体素子。アニムス原体は１３個。全アニムスを統括するもの１個と、
各アニマと対応する１２個。
アニマ（アニマの器）・・１２個あってアニムスとゾハルとの接続端末のような役割を持つ素子。
エルドリッジ・・・オープニングムービーの巨大な宇宙船。
ゾハルとの結合起動実験の際に原因不明の事故をおこしたデウスシステムを
緊急停止、分割して移送中に再びデウスシステムが暴走。暴走を阻止するために自爆。
近くの惑星（ゼノギアスの舞台）に分裂して墜落。
中央船体部・・・エルドリッジの中央制御装置ラジエル（ゾハルやデウスや星間戦争時代の技術など膨大な
データを搭載した巨大なコンピューターみたいなもの）や
デウス本体部分を搭載していた部分。
墜落後、海底に封印される。
現在では神の楽園「マハノン」と呼ばれている。
ガゼル法院が発動できる「シューティアの小鍵」によって封印がとかれると浮上する。
マハノン浮上直後に戦闘するデウスは旧デウスの化石化した遺構。
ゾハル搭載部・・・極地方に墜落。
「ベツレヘムの地」と呼ばれる。
カドモニ搭載部・・・軟着陸。
着陸地が「原初の地」と呼ばれる。
そこでシステムハッワーが起動して、デウス修復計画が始まる。
先端部分～居住区・・・先端部分は地表に突き刺さるように墜落。
現在のバベルの塔、
バベルの塔上部にのこった居住区は現在のシェバトの基礎となる？
砲台部分・・・墜落後残存した１つが改修されたものが現在の碧玉要塞
搭載されていた強襲揚陸艇・・・巨大なギアへと可変。通称ユグドラシルⅣ
現在のノアトゥンのキスレブ総統府
搭載されていた巡洋艦・・通称エクスカリバー
上記揚陸艇がギア可変時は剣としての機能も。
残存した２隻はシェバトによって改修保有されていた。
１隻は５００年前のソラリス戦役にてソフィア操縦によって
ソラリスのメルカバーに特攻。
１隻は本作にてカレルレンのメルカバーに突入する際
ユグドラシルⅣとともに使用される。