旧暦の慶応4年1月2日（1868年1月26日）戊辰戦争が勃発、鳥羽・伏見の戦いが起きた。
慶応3年（1867年）10月14日に江戸幕府第15代将軍・徳川慶喜は日本の統治権返上を明治天皇に奏上、翌15日に勅許された（大政奉還）。
慶喜は10月24日に征夷大将軍職の辞任も朝廷に申し出る。
朝廷は上表の勅許にあわせて、国是決定のための諸侯会議召集までとの条件付ながら緊急政務の処理を引き続き慶喜に委任し、将軍職も暫時従来通りとした。
つまり実質的に慶喜による政権掌握が続くこととなった。
慶喜の狙いは、公議政体論のもと徳川宗家が首班となる新体制を作ることにあったと言われる。
しかし、予定された正式な諸侯会議の開催が難航するうちに、雄藩5藩（薩摩藩、越前藩、尾張藩、土佐藩、安芸藩）は12月9日にクーデターを起こして朝廷を掌握、王政復古の大号令により幕府廃止と新体制樹立を宣言した。
新体制による朝議では、薩摩藩の主導により慶喜に対し内大臣職辞職と幕府領地の朝廷への返納を決定し（辞官納地）、禁門の変以来京都を追われていた長州藩の復権を認めた。
慶喜は辞官納地を拒否したものの、配下の暴発を抑えるため二条城から大坂城に移った。
経済的・軍事的に重要な拠点である大坂を押さえたことは、その後の政局において幕府側に優位に働いた。
12月16日、慶喜は各国公使に対し王政復古を非難、条約の履行や各国との交際は自分の任であると宣言した。
新政府内においても山内容堂（土佐藩）・松平慶永（越前藩）ら公議政体派が盛り返し、徳川側への一方的な領地返上は撤回され（新政府の財源のため、諸侯一般に経費を課す名目に改められた）、年末には慶喜が再上洛のうえ議定へ就任することが確定するなど、辞官納地は事実上骨抜きにされつつあった。
慶応3年10月13日そして14日には討幕の密勅が薩摩と長州に下される。
そこで江戸の薩摩邸の政治活動も活発化して定め書きを書いて攻撃対象を決めた。
攻撃対象は「幕府を助ける商人と諸藩の浪人。
志士の活動の妨げになる商人と幕府役人。唐物を扱う商人。
金蔵をもつ富商」の四種に及んだ。
しかし、慶応3年10月14日、同日に大政奉還が行われ、討幕の実行延期の沙汰書が10月21日になされ、討幕の密勅は事実上、取り消された。
既に大政奉還がなされて幕府は政権を朝廷に返上したために倒幕の意味はなくなり薩摩側も工作中止命令を江戸の薩摩邸に伝える。
ただそれでも江戸薩摩藩邸の攘夷派浪人は命令を無視して工作を続けていた。
12月23日には江戸城西ノ丸が焼失。
これも薩摩藩と通じた奥女中の犯行と噂された。
同日夜、江戸市中の警備にあたっていた庄内藩の巡邏兵屯所への発砲事件が発生、これも同藩が関与したものとされ、老中・稲葉正邦は庄内藩に命じ、江戸薩摩藩邸を襲撃させる。
この事件の一報は、江戸において幕府側と薩摩藩が交戦状態に入ったという解釈とともに、大坂城の幕府首脳のもとにもたらされた。
一連の事件は大坂の旧幕府勢力を激高させ、勢いづく会津藩らの諸藩兵を慶喜は制止することができなかった。
慶喜は朝廷に薩摩藩の罪状を訴える上表（討薩の上表）を提出、奸臣たる薩摩藩の掃討を掲げて、配下の幕府歩兵隊・会津藩・桑名藩を主力とした軍勢（総督・大河内正質）を京都へ向け行軍させた。
『臣慶喜、謹んで去月九日以来の御事体を恐察し奉り候得ば、一々朝廷の御真意にこれ無く、全く松平修理大夫（薩摩藩主島津茂久）奸臣共の陰謀より出で候は、天下の共に知る所、殊に江戸・長崎・野州・相州処々乱妨、却盗に及び候儀も、全く同家家来の唱導により、東西饗応し、皇国を乱り候所業別紙の通りにて、天人共に憎む所に御座候間、前文の奸臣共御引渡し御座候様御沙汰を下され、万一御採用相成らず候はゞ、止むを得ず誅戮を加へ申すべく候。』
— 討薩表（部分）
戦闘の勃発
慶応4年1月2日（1868年1月26日）夕方、幕府の軍艦2隻が、兵庫沖に停泊していた薩摩藩の軍艦を砲撃、事実上戦争が開始される。
翌3日、慶喜は大坂の各国公使に対し、薩摩藩と交戦に至った旨を通告し、夜、大坂の薩摩藩邸を襲撃させる、藩邸には三万両余りの軍資金が置かれていたが、薩摩藩士税所篤が藩邸に火を放ったうえでこれを持ち出し脱出したため、軍資金が幕府の手に渡る事は無かった。
同日、京都の南郊外の鳥羽および伏見において、薩摩藩・長州藩によって構成された新政府軍と旧幕府軍は戦闘状態となり、ここに鳥羽・伏見の戦いが開始された。
両軍の兵力は、新政府軍が約5,000人、旧幕府軍が約15,000人と言われている。
小松宮彰仁親王(仁和寺宮嘉彰親王)
新政府軍は武器では旧幕府軍と大差なく、逆に旧幕府軍の方が最新型小銃などを装備していたが、初日は緒戦の混乱および指揮戦略の不備などにより旧幕府軍が苦戦した。
また、新政府が危惧していた旧幕府軍による近江方面からの京都侵攻もなかった。
翌1月4日も旧幕府軍の淀方向への後退が続き、同日、仁和寺宮嘉彰親王を征討大将軍と為し錦旗・節刀を与え出馬する朝命が下った。
薩長軍は正式に官軍とされ、以後土佐藩も迅衝隊・胡蝶隊・断金隊などを編成し、錦旗を賜って官軍に任ぜられた。
逆に旧幕府の中の反乱勢力は賊軍と認知されるに及び、佐幕派諸藩は大いに動揺した。
こういった背景により1月5日、藩主である老中・稲葉正邦の留守を守っていた淀藩は賊軍となった旧幕府軍の入城を受け入れず、旧幕府軍は淀城下町に放火しさらに八幡方向へ後退した。
1月6日、旧幕府軍は八幡・山崎で新政府軍を迎え撃ったが、山崎の砲台に駐屯していた津藩が旧幕府軍への砲撃を始めた。旧幕府軍は山崎以東の京坂地域から敗北撤退し大坂に戻った。
この時点では未だに総兵力で旧幕府軍が上回っていたが、1月6日夜、慶喜は自軍を捨てて大坂城から少数の側近を連れ海路で江戸へ退却した。
これは敵味方を問わず慶喜の敵前逃亡として認識された。
慶喜の退却により旧幕府軍は戦争目的を喪失し、各藩は戦いを停止して兵を帰した。
また戦力の一部は江戸方面へと撤退した。
5日、山陰道鎮撫総督・西園寺公望及び東海道鎮撫総督・橋本実梁が発遣された（西国及び桑名平定）。
7日、慶喜追討令が出され、次いで旧幕府は朝敵となった。
10日には藩主が慶喜の共犯者とみなされた会津藩・桑名藩・高松藩・備中松山藩・伊予松山藩・大多喜藩の官位剥奪と京屋敷を没収、3月7日に姫路藩が追加された。
藩兵が旧幕府軍に参加した疑いが高い小浜藩・大垣藩・宮津藩・延岡藩・鳥羽藩が藩主の入京禁止の処分が下され、これらの藩も「朝敵」とみなされた。
ただし、大垣藩は10日の時点で藩主が謝罪と恭順の誓約を出していたことから、13日に新政府軍（中山道総督）の先鋒を務める事を条件に朝敵から外す確約を与えられて4月15日に正式に解除、更には戊辰戦争の功によって賞典禄まで与えられている。
なお、同藩の場合、新政府参与に同藩重臣（小原忠寛）がおり、彼のとりなしを新政府・大垣藩双方が受け入れた事が大きい。
11日には改めて諸大名に対して上京命令が出された。
これはそれまでの諸侯による「公平衆議」の開催を名目にした上京命令とは異なり朝敵とされた「慶喜追討」を目的としていた。
これによって新政府はこれまで非協力的な藩に対して、恭順すれば所領の安堵などの寛大な処分を示す一方で、抵抗すれば朝敵（慶喜及び旧幕府）の一味として討伐する方針を突きつける事になった。
特に西日本では慶喜討伐令と上京命令と鎮撫軍の派遣の報を立て続けに受ける事になり、所領安堵と追討回避のために親藩・譜代藩も含めて立て続けに恭順を表明し、鳥羽・伏見の戦いに関わったとして「朝敵」の認定を受けた藩ですら早々に抵抗を諦めて赦免を求める事となった。
1月末には藩主が慶喜とともに江戸に逃亡した桑名藩ですら、重臣や藩士達が城を新政府軍に明け渡し、3月には近畿以西の諸藩は完全に新政府の支配下に入った。
9日、長州軍が大坂城を接収、大坂は新政府の管理下に入った。
同日東山道鎮撫総督に岩倉具定が任命された。
11日、神戸事件が起こり条約諸国と新政府が対峙するが、交渉は成立し25日に条約諸国は局外中立宣言を行った。
20日、北陸道鎮撫総督・高倉永祜が発遣された。
また、神戸事件に誘発される形で、堺事件も発生した。
幕府及び旧幕府勢力は近畿を失ない薩長を中心とする新政府がこれに取って代わった。
また旧幕府は国際的に承認されていた日本国唯一の政府としての地位を失った。
また新政府の西国平定と並行して東征軍が組織され、東山道・東海道・北陸道に分かれ2月初旬には東進を開始した。