福島第一原発1号機の圧力容器に穴が開いていて、水が全くたまっておらず、核燃料棒の大半が溶融しているメルトダウン(炉心溶融)状態であることを東京電力が認めました。

穴が開いてなければ検出されないような放射性同位体がたくさん確認されていたわけで、震災後間もなく圧力容器・格納容器に穴が開いていた可能性が高かったと思いますが、水が全くたまってないとはビックリです。

おかげで、圧力容器が爆発する可能性はなくなったのですが、放射性物質はダダモレっぽいです。
封じ込める方法はあるのでしょうか?

今後の最悪のケースは、メルトダウンした核燃料がどんどん地下に落ちていき、地下水脈に接して、水蒸気爆発することです。
そうならないことを祈るのみです。