どうも。。
当方で使用しているMacProですが、グラフィックカードが故障しやすい傾向にあります。
先日、FX4600が熱で故障してしまいました。
仕方なく現在は8800GTSを使用してます。
（GPU履歴）
1.BTOにてQuadro FX4500をチョイス、当時から好調でした。（現在も緊急用に保持）
2.1st MacPro用8800GTアップグレードキット発売を機に購入、しかし2年程度でお亡くなりになしました。
3.PC用GeForce8800GTSをBIOS書き換えにて使用。（書き換えてから数年使用してます）
可変ファン設定をしました。（現在使用中）
ダイナミックからオートマティックに変更、可変温度とファンスピードを見直す。
Mac用8800GTはBIOS設定を見た限り、ダイナミック設定でFAN SPEEDが30%のままみたいです。
それから少し回転があがり（7秒間?)すぐ30%回転に戻る。
これじゃ冷えませんし、ボード下のメモリも高温になってしまいメモリ故障につながる。
おまけにメモリクロック含めかなり低めに設定されており安全マージンをとっていると推測。
当方の8800GTSはボードを触ってもほんのり暖かい程度になってます。
純正8800はヤケドするほどあつかったですから。
4.Quadro FX4600を使用するも熱により故障。BIOSが飛んだと思われる。書き換え不可。。
Quadroに拘りがあるわけではありませんが、なんとなく。。
純正の8800GTとFX4600はオーブンでクッキングして一時的に復活しましたが今では永眠です。。
純正8800GTを使用している方は、オーバークロック、電圧、ファン設定を見直すだけで安定運用ができるものと推測します。
特にOS10.7以降、PC用のグラボがポン付けで描写できますので、選択肢は広がるはずですね。
MacPro初代向けの対策として、
(1) Macのファンスピードを上げて筐体内部に熱をためない。
各アプリで対応
(2) G4 MDDのPCIスロットカバーを取り付ける（パンチング加工がしてあるため）
うちはG4 MDD1.42があるのでそれと交換
(3) グラボをファンレスタイプの低発熱タイプに変更
未確認（笑）
(4) OSを10.8以降にアップグレードする（何故か全体の温度が下がり、筐体側部もヒンヤリしたまま。温度の差は単に測定アプリの問題か？）
現在はMavericks 10.9.5ですが、やはり温度が低いです。
現行機種にはかないませんが、拡張性と発熱量、電気料金なら負けないぞ（笑）
まだまだいけるね。。