なぜか？
ディスクを直接プレーヤーで再生する時は映像出力時にインターレースの解除をしているからです。エンコード後も、インターレース解除機能を持った動画再生ソフトを使うことでディスク再生時と同等の綺麗な映像が映し出されます。
【Handbrakeでインターレース保持した動画を作成する方法】
Handbrakeでインターレースを保持する場合、FiltersタブでDeinterlaceをオフにしただけでは失敗します。Optionタブで、「:tff=1」という文字を追加する事で保持されるのです。
ただし、動画の使い方によってはデメリットもあります。
インターレースが保持された映像は再生ソフトに依存しますので、きちんと解除してくれる再生ソフトが必須です。PCと別に、スマホやタブレットPC等でも見たいと思った時に上手くインターレース解除してくれなければ縞模様の動画で再生されてします。また、エンコード時にリサイズした場合、PCで再生しても上手く解除されない事があるようです。
そのようなデメリットを防ぎたい時は、インターレースを解除しましょう。解除してあれば動画再生ソフト依存もなくなり、どれを使っても良いですし、どんな端末で見ても同じ映像が映し出されます。
「それなら、常にインターレース解除すれば良いのでは？」と思うかもしれませんが、エンコードする事自体が映像の劣化をさせる行為なのでインターレースも解除すると映像元によっては、さらに劣化を助長する結果になってしまうので、自分の再生環境に合わあせて解除と保持を選択する必要があるのです。
簡単にまとめると、エンコード後もなるべく綺麗な映像を保ちたい方は保持
リサイズして見たり、劣化を全く気にせず気軽に見たい方は解除
と、言ってもあくまで個人的にな意見であって映像の見え方は千差万別なので、ここの設定も自分の好みに合わせて選択するのが一番だと思います
追記：2016/02/20
デインターレースについて、Handbrakeで解除方法の比較をしました。ご興味のある方は下記へ飛んでください
【Handbrake】DeinterlaceとDecombを比較してみた【インターレース解除】
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