先のパスポートの英文表記の話しの中で、ヘボン式ではない表記も容易にできると書いていましたが、外国籍がないとあまり簡単には受け付けてもらえないようです。
たしかに問い合わせてみると、あまりはっきりしない返事とともに、外国に暮らす上での都合や通名で表記変更をすることにあまり協力的ではないようです。
初めて取得するパスポート、つまり海外に出たことのない子供の名前の表記に関しては、通名としての実績がなく、どうも非ヘボン式のローマ字表記は嫌われるようです。
なお、親と苗字の表記が違うと外国のビザ手続きなどで問題も生じやすく、日本人の場合は親と子供の苗字は一致させるほうが無難です。
また、子供の名前を占いなどで変えることも、海外を転々とする場合はちょっと手続きがややこしくなるため、できる限り名前を変えることもしないほうが良いです。
ちょっと追記と追加の参考までの話しでした。