金堂：薬師如来真言「オン コロコロセンダリマトウギソワカ」
西塔：８８７年、光孝天皇の勅命により、当世２世真然僧正が、大師の遺された「御図記」に従って大塔に続いて建立
現在の塔は１８３４年の再建
塔前の石燈籠は医聖・花岡青洲の寄進にかかる大日如来(金剛界）真言「オン バザラダトバン」
御社：高野山開創にあたり、８１９年に大師は、結界守護のため、丹生・高野（狩場）両大明神を現在の地に勧進した
当山の地主神である丹生・高野両大明神を祀る本殿２社、十二王子及び百二十伴神を祀る総社の三社からなる
後に行勝上人が気比明神、厳島明神を勧進し四社明神とした現在の社殿3棟は1522年の再建
山王院：御社の拝殿で1171年以前の再建
現在の堂は1845年の再建
旧暦の5月１～２日には波切不動を奉安しての夏季祈り、旧暦5月3日には学道の最終階梯である竪精の厳儀が奉修される
また、毎月16日に「法楽論議」が権修される
西塔の隣には、1200年延杲大僧正が干天に雨を祈って成就し、後鳥羽上皇の賞賜として建立した孔雀堂（写真なし）があります孔雀明王真言「オン マユラギランデイソワカ」
さらにその隣には973年以前の創建准胝堂（写真なし）があります大師得度剃髪の際、自らの本尊としてお祀りされた本尊准胝観音がある
准胝観音真言「オン シャレイソレイ ソンデイソワカ」
その隣には御影堂（写真なし）があります元は大師の持仏堂であったが、ご入定後、実恵僧都が師の御影を安置する堂とした
御宝号「南無大師遍照金剛」
