21世紀初頭。
突如出現したゴジラが地球を蹂躙し始めた。
存亡の危機に瀕した人類は、多くの人命を
地球に残したまま、選ばれた人間たちを
恒星間移民船・アラトラム号に乗せ、
移住可能な約束の地＝”タウ星e”を
目指して飛び立つ。
だが、その計画は失敗。
再び地球に戻ることを余儀なくされてしまう。
やがて故郷の星に帰り着いたものの、長距離
亜空間船行で生じた時空の歪みにより、
そこは”二万年後の地球”に変貌していた。
その地球でハルオは、人類と運命を共にする
異性人エクシフ、ビルサルドと協力し、20年の
時を掛けて考案した決死の”対ゴジラ戦術”を実行する。
その結果、激しい攻撃を受けながらも、ゴジラを
倒すことに成功。
ところが、その喜びも束の間、地中深くから真のゴジラ
”ゴジラ・アース”が姿を現す。
それは、二万年もの間、成長を続け、体高300メートル、
質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大
ゴジラだった。
その圧倒的な破壊力の前に、なす術もなく敗れ、散り散りに
なるハルオたち。
その時、ハルオを救ったのは、人類の生き残りと
見られる”フツアの民”ミアナだった。
この地球で初めて出会った人型の生命種族で
あるフツアは、本当に人類の子孫なのか？
“フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。
挑むもの、抗うもの、すべて炎に
呑まれて消える”と語る彼らに、”これは、
人類の手に地球を取り戻す、最後の
チャンスなんだ”と答えるハルオ。
一方、ビルサルドの指揮官ガルグは、フツアが
使う矢じりが、自津思考金属体”ナノメ
タル”製である事に気付く。
それは、21世紀に彼らが富士山麓で”対ゴジラ
決戦兵器”として開発しながらも、起動直前に
破壊された”メカゴジラ”を構成する物質だった。
そしてその事実は、開発プラントが現存することを
意味していた……。